wwPDB 등록・주석 시스템을 사용하여 NMR과 전자현미경법 (3DEM)으로 결정된 구조를 등록 할 수 있게 되었습니다.

wwPDB등록・주석 시스템을 사용하여 전자현미경법(3DEM), NMR, X선, 중성자선, 전자선결정 해석으로 결정된 구조를 등록 할 수 있게 되었습니다. 현재, 아래의 사이트에서 등록 가능합니다.
http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/

새로운 시스템은 EMDB와 BMRB에 연결되어 있기 때문에 PDB의 원자좌표 등록과 EMDB에서의 EM전자밀도 맵의 등록 또는 BMRB의 NMR 데이터의 등록을 함께 실시할 수 있습니다. 구조가 등록되면, PDB, EMDB, BMRB의 액세스 코드가 발행됩니다.

개요에 대해서 아래의 튜토리얼을 참조하십시오.
http://www.wwpdb.org/deposition/tutorial (English)
http://pdbj.org/help/wwpdb_dep_tutorial (Korean)

2014년1월에 wwPDB는 국제적으로 일치된 구조 데이터의 등록 및 주석 시스템을 발표하기 위한 제1단계로써, X선 결정구조를 대상으로 새로운 등록· 주석 시스템을 시작했습니다. 12, 000건 이상의 X선 결정구조가 새로운 시스템을 사용해서 등록 되었고, 주석 처리가 되었습니다. 그 중에서 6, 800건 이상이 이미 공개되어 있습니다.

X선/전자현미경법/NMR을 통합한 포괄적인 등록·주석 시스템에는 아래와 같은 특징이 새롭게 추가되거나 개량되었습니다. wwPDB의 전문임원회(wwPDB Task Force)의 권장에^1,2,3 따른 검증 레포트의 생성, 리간드 정보의 검토기능 개선, 등록 전후의 좌표와 실험 데이터의 변경 기능, 등록자와 wwPDB 주석자간의 커뮤니케이션 절차의 개선등.

적어도 2016년 전반에 실시되는 새로운 등록에 있어서, 새로운 시스템을 사용하더라도 종래의 등록 툴(EMDep, ADIT-NMR, AutoDep)의 사용도 가능합니다.

새로운 시스템이 안정화 되어서 가동하게 되면, 기존의 등록 툴은 등록 도중의 세션을 완료하기 위한 충분한 시간을 준 뒤에 종료 될 예졍입니다. 이 절차는 2015년 초에 실시된 X선 결정구조 등록 ADIT 시스템의 종료 절차와 동일합니다.

【참고 문헌】

1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data Bank, Randy J. Read, Paul D. Adams, W. Bryan Arendall III, Axel T. Brunger, Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. Richardson, William H. Sheffler, Janet L. Smith, Ian J. Tickle, Gert Vriend and Peter H. Zwart. (2011) Structure 19: 1395-1412 doi: 10.1016/j.str.2011.08.006
2. Outcome of the First Electron Microscopy Validation Task Force Meeting, Richard Henderson, Andrej Sali, Matthew L. Baker, Bridget Carragher, Batsal Devkota, Kenneth H. Downing, Edward H. Egelman, Zukang Feng, Joachim Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F. Schröder, Alasdair C. Steven, David L. Stokes, John D. Westbrook, Willy Wriggers, Huanwang Yang, Jasmine Young, Helen M. Berman, Wah Chiu, Gerard J. Kleywegt, and Catherine L. Lawson. (2012) Structure 20: 205-214 doi:10.1016/j.str.2011.12.014
3. Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force, Gaetano T. Montelione, Michael Nilges, Ad Bax, Peter Güntert, Torsten Herrmann, Jane S. Richardson, Charles D. Schwieters, Wim F. Vranken, Geerten W. Vuister, David S. Wishart, Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, and John L. Markley. (2013) Structure 21: 1563-1570 doi:10.1016/j.str.2013.07.021

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