5U7A

Crystal structure of a complex formed between MerB and Dimethyltin

> 概要

5U7A の概要

関連構造のPDB ID3F0P 5C0U 5C17 5C0T 5u79 5u7b 5u7c 5u82 5u83 5u88
分子名称Alkylmercury lyase (E.C.4.99.1.2)
機能のキーワードbacterial proteins, cysteine, escherichia coli, lyases, mercury, dimethyltin, lyase, metal binding protein
由来する生物種Escherichia coli
ポリマー鎖数2
分子量合計46908.59
構造登録者
Wahba, H.M.,Stevenson, M.,Mansour, A.,Sygusch, J.,Wilcox, D.E.,Omichinski, J.G. (登録日: 2016-12-12, 公開日: 2017-01-11)
主引用文献
Wahba, H.M.,Stevenson, M.J.,Mansour, A.,Sygusch, J.,Wilcox, D.E.,Omichinski, J.G.
Structural and Biochemical Characterization of Organotin and Organolead Compounds Binding to the Organomercurial Lyase MerB Provide New Insights into Its Mechanism of Carbon-Metal Bond Cleavage.
J. Am. Chem. Soc., 2017
PubMed: 27989130
DOI: 10.1021/jacs.6b11327
MImport into Mendeley
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (1.532 Å)
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構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.21671.5%2.6%9.1%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 5u7a
回転なし
Molmil generated image of 5u7a
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5u7a
y軸(上下方向)周りに90°回転

他の静止画像(生物学的単位)

Molmil generated image of 5u7a
回転なし
Molmil generated image of 5u7a
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5u7a
y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (5u7a.pdb1.gz [101.68 KB])
生物学的単位の座標ファイル (5u7a.pdb2.gz [100.59 KB])

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
A, BAlkylmercury lyasepolymer21223058.32
UniProt (P77072)
Pfam (PF03243)
Pfam (PF12324)
Escherichia coliOrganomercurial lyase
Dimethyltin dibromidenon-polymer308.62
BROMIDE IONnon-polymer79.91
PHOSPHATE IONnon-polymer95.01
waterwater18.0276

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数2
分子量合計46116.5
非ポリマー*分子数4
分子量合計792.0
全て*分子量合計46908.6
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (1.532 Å)

格子定数 [Å]38.05588.64851.490
格子定数 [度]90.00100.3490.00
空間群P 1 21 1
分解能 [Å] (低 - 高)43.98 - 1.53
最も高い分解能シェルの値1.554 - 1.532
R因子0.1748
R-work0.17300
最も高い分解能シェルの値0.291
R-free0.21050
最も高い分解能シェルの値0.437
結合長の平均二乗偏差(RMSD) [Å]0.011
結合角の平均二乗偏差(RMSD) [度]1.346

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)50.00 - 1.53
最も高い分解能シェルの値 -
独立反射数43607
完全性 [%]86.5
冗長性3

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP5.5296

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
AC15binding site for residue ZN5 A 301
鎖名残基
ACYS96
AASP99
AHOH457
AHOH524
AHOH529

AC22binding site for residue BR A 302
鎖名残基
APRO5
BHOH479

AC310binding site for residue PO4 A 303
鎖名残基
ACYS160
AHIS161
AHIS163
ATRP174
AHIS178
AHOH447
AHOH454
BTRP174
BHIS178
BHOH453

AC45binding site for residue ZN5 B 301
鎖名残基
BASP99
BHOH407
BHOH488
BHOH499
BHOH522

?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

Resources

ファイル形式ファイル名 (ファイルサイズ)
PDB全ての情報pdb5u7a.ent.gz (204.89 KB)
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全ての情報 (非圧縮)pdb5u7a.ent (819.25 KB)
ヘッダのみpdb5u7a.ent.gz (7.5 KB)
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PDBx/mmCIF5u7a.cif.gz (243.62 KB)
PDBML
全ての情報5u7a.xml.gz (325.54 KB)
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ヘッダのみ5u7a-noatom.xml.gz (23.63 KB)
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座標情報のみ5u7a-extatom.xml.gz (143.07 KB)
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PDBMLplus全ての情報5u7a-plus.xml.gz (326.28 KB)
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ヘッダのみ5u7a-plus-noatom.xml.gz (24.38 KB)
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付加情報のみ5u7a-add.xml.gz (760 B)
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RDF5u7a.rdf.gz (47.41 KB)
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構造因子r5u7asf.ent.gz (432.36 KB)
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生物学的単位 (PDB形式)5u7a.pdb1.gz (101.68 KB) (A)
*author and software defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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5u7a.pdb2.gz (100.59 KB) (B)
*author and software defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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検証レポートPDF5u7a​_validation.pdf.gz (292.59 KB)
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PDF-full5u7a​_full​_validation.pdf.gz (299.67 KB)
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XML5u7a​_validation.xml.gz (19.69 KB)
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PNG5u7a​_multipercentile​_validation.png.gz (160.75 KB)
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SVG5u7a​_multipercentile​_validation.svg.gz (947 B)
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Sequence (fasta)5u7a​_seq.txt
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