jV マニュアル & 使用例

Version 4.5.10, 2023年6月12日

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

8. 原子表現 トップページに戻る 10. 色表現

9. 頂点表現

ポリゴンの頂点グループを特定するために、以下に示した3つの表現が利用できます。

標準のブール結合子'and'(かつ)、’or'(または)、'not'(否定)そして空白を使って、複雑な表現を作ることができます。 ブール結合子はそれぞれ'&'、'|'、'!'の省略形も利用できます。

9.1. 比較演算子

等号と不等号を使って、"id >= 100" のように各頂点のID番号を指定し、ポリゴンの一部分を選択することができます。 利用できる演算子は、=、==、<>、!=、/=、<、<=、>、>= です。 各頂点要素が user_data 要素を持っていたときは、user_data内の各属性は 等号と不等号で選択された頂点に利用されます。

9.2. 内部表現

内部表現ではある原子グループから指定された距離内にある頂点を選択します。

  1. within( <距離>, <原子表現> )原子グループの代わりに、ある座標からの距離で指定することもできます。
  2. within( <距離>, [x, y, z] )
  3. within( <距離>, {x, y, z} )2番目の場合、現在画面に表示されている座標に従って選択されます。 一方、3番目の場合は、ポリゴンファイルの初期状態の座標に従って選択されます。

9.3. 箱形表現

矩形選択表現では指定した原子グループの各原子を中心とした立方体に含まれる頂点を選択します。 表記規則は内部表現と似ています。


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