jV マニュアル & 使用例

Version 4.5.10, 2023年6月12日

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学蛋白質研究所の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

10. 色表現 トップページに戻る 12. アップレットを使用するには

11. コマンドラインオプション

jVはOSのコマンドライン(Windowsのコマンドプロンプト、MacOSXのターミナル、Linuxの端末など)から起動することができます。起動の際、オプションを指定することができます。

【Windowsの場合】
startup_windows.bat [options]

【MacOSXの場合】
./starup_macosx.command [options]

【Linuxの場合】
./starup_linux.sh [options]

利用できるオプションは以下の通りです。

オプション名 説明
-pdbml <file> PDBMLファイルを開きます。空白で区切って複数のファイルを指定することもできます。
例:starup_windows.bat -pdbml ftp://ftp.pdbj.org/XML/all/1smd.xml.gz
-pdb <file> PDBファイルを開きます。空白で区切って複数のファイルを指定することもできます。
例:starup_windows.bat -pdbml ftp://ftp.pdbj.org/pdb/pdb1smd.ent.gz
-polygon <file> ポリゴンファイルを開きます。空白で区切って複数のファイルを指定することもできます。
-animation <file> アニメーションファイルを開きます。空白で区切って複数のファイルを指定することもできます。
-ftp <pdb_id> PDBjのFTPサイトから指定されたPDBIDのPDBMLを読み込んで開きます。空白で区切って複数のPDBIDを指定することもできます。
例:starup_windows.bat -ftp 1smd
-script <file> スクリプトファイルを開きます。
-stdin 標準入力の入力待ちとなり、標準入力からのコマンドを受け取ります。

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