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[PDBアーカイブ]

PDBアーカイブは wwPDB FTPサイト の完全なミラーである PDBj FTPサイト からrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。

以下にダウンロード方法の概要を示します。アーカイブのディレクトリ構成の詳細については、PDBj FTPサイトの詳細をご覧下さい。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、 PDBj FTPサイト にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、PDBアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

 $ rsync ftp.pdbj.org::
Welcome to PDBj FTP site.

ftp         Top level of pdb data ftp tree aproximately 145 GB ( /pub/pdb )
ftp_data    Data directory within ftp archive aproximately 144 GB ( /pub/pdb/data )
ftp_derived Derived data directory within ftp archive aproximately 130 MB ( /pub/pdb/derived_data )
ftp_doc     Doc directory within ftp archive aproximately 331 MB ( /pub/pdb/doc )
emdb        Top level of emdb data ftp tree aproximately 49 GB ( /pub/emdb )
rsync       Top level of PDBj FTP tree aproximately 423 GB ( / )

全てのPDBフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete ftp.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb

全てのPDB exchange (mmCIF) フォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete ftp.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF

全てのPDBMLフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete ftp.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML

全てのEMDBファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz --delete ftp.pdbj.org::emdb/ ./emdb

[スナップショットアーカイブ]

毎年最初のリリースおよびremediationの直前のFTPアーカイブをスナップショットアーカイブとして wwPDB で公開しております。PDBjでは、 snapshots.pdbj.orgからrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、 ftp://snapshots.pdbj.org/ にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、スナップアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

 $ rsync snapshots.pdbj.org::

all             Entire Snapshots archive
20050106        January 6, 2005 snapshot
20060103        January 3, 2006 snapshot
20070102        January 2, 2007 snapshot
20070731        July 31, 2007 snapshot
20080107        January 7, 2008 snapshot
20090105        January 5, 2009 snapshot
20090316        March 16, 2009 snapshot
20100104        January 4, 2010 snapshot
20110103        January 3, 2011 snapshot
20110707        July 7, 2011 snapshot
20120102        January 2, 2012 snapshot
20130101        January 1, 2013 snapshot
20140102        January 2, 2014 snapshot
20141203        December 3, 2014 snapshot
20150102        January 2, 2015 snapshot
20160101        January 1, 2016 snapshot
20160302        March 2, 2016 snapshot (Validation Reports Only)
20170101        January 1, 2017 snapshot

2005-01-06のスナップショットをダウンロードして20050106_snapshotディレクトリに保存する場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -avz snapshots.pdbj.org::20050106 20050106_snapshot
2012-03-30 (last edited: 2 weeks ago)2017-01-10
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This is the static version of the PDBj web interface with limited functionality. Try the full version instead.