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PDBj(日本蛋白質構造データバンク Protein Data Bank Japan)は、

  • 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)の一員で、各構成組織(米国RCSBBMRB、および欧州PDBe)と協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「PDB」を運営しています。
  • 日本国内ではJST-NBDC大阪大学の支援を受けています。
  • 後述の「PDBアーカイブ」の提供を行っている他、PDBj独自に実験情報などの追加を行ったPDBMLaddも提供しています。
  • 主にアジア・オセアニア地区からのデータ登録処理を行っています。

PDBは、

  • 生体高分子の立体構造情報(構成する原子の原子座標情報)およびそれに付随する実験データなどを収めたデータバンクです。
  • 現在、実験的に解かれた構造のデータのみをメインデータとして収めています。2002年6月30日までは理論モデルも登録されていましたが、現在理論モデルエントリーは廃止扱いとなっています(理論モデルの他、置き換えにより廃止となったエントリーのデータも別ディレクトリに保管されているため、PDBアーカイブより参照することはできます。詳細はPDBj FTPサイトの詳細を参照下さい)。
  • mmCIF形式を大元のデータとしています。そしてmmCIFの内容に基づき以下の書式でもデータ提供を行っています(詳細はPDBデータの書式参照)。
    • PDBML - XML(eXtensible Markup Language)形式に変換したもの
    • wwPDB/RDF - RDF(Resource Description Framework)形式に変換したもの
    • PDB format - 最も古くから用いられている幅80文字固定長の書式。一部情報は割愛されている。2014年以降、新規に登録される大きな分子についてはこの書式でのデータ提供は行わない予定。
  • wwPDB各メンバーで分担して登録処理を行われ、一旦集められて世界共通の「PDBアーカイブ」としてwwPDB各メンバーサイトから公開されています。

PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。

*PDBjサービスの詳細については、PDBjサービスについてを参照してください。


PDBj各ページ上部にある検索バー(omniバー)を使うと、PDBエントリーだけでなくPDBjサイトコンテンツ全体を横断検索することができます。詳しくはomni検索をご覧ください。

PDBjサービスの基本的な使い方については基本的な使い方をご覧ください。 新しいPDBjウェブサイトのチュートリアルは、こちらからご利用頂けます。

なお、過去の講習会 の記録も参考にしてください。


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2015-06-10 (last edited: 1 weeks ago)2017-01-13
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