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万見(yorodumi)

Yorodumi

万見 (よろづみ)は生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。

URL: http://pdbj.org/yorodumi/

ASH

ASH page

ASH は3次元構造アライメントを行うプログラムです。 ASHホームページ上で処理することも、ソフトウェアをダウンロードして利用することもできます。 いずれも無料で利用できます。

URL: http://pdbj.org/ash/

MAFFTash

MAFFTash page

MAFFTash は、配列と立体構造の両方を考慮して類似している分子を検索するツールです。

URL: http://pdbj.org/mafftash/

CRNPRED

CRNPRED page

CRNPRED (クルンプレッド)はアミノ酸配列に基づき、2次構造(secondary structure)、埋もれ度(contact number)、残基毎コンタクトオーダ(residue-wise contact order)を含む1次元の蛋白質立体構造予測を行うウェブサービスです。

URL: http://pdbj.org/crnpred/

Spanner

Spanner

Spanner(スパナー)は既知の立体構造との類似性に基づいて、構造が分かっていないアミノ酸配列の立体構造を予測するプログラムです。

URL: http://pdbj.org/spanner/

SFAS

sfas

SFAS(Sequence to Function Annotation Server)はアミノ酸配列から構造を予測するウェブサービスです。 SFASは配列相同性比較(sequence alignment)と構造予測(structural modeling)を行う外部プログラムの結果を組み合わせて実行されています。 現在、配列相同性比較に数種類が選択できるようになっていますが、構造予測にはまだ1種類しか選択できません。将来選択肢は増える予定です。

URL: http://pdbj.org/sfas/

gmfit

gmfit

gmfitは、混合正規分布モデルを用いて高速に立体の重ね合わせを行うプログラムです。二つのEMDBの密度マップやPDBの構造の重ね合わせ計算を行うWEBサービスを公開しています。

URL: http://pdbj.org/gmfit/

HOMCOS

HOMCOS

HOMCOS は、PDBに収納されている複合体の立体構造データを配列や化学構造から検索し、検索された構造を鋳型として複合体のモデリングを行うサービスです。

URL: http://homcos.pdbj.org/?LANG=ja

2012-07-11 (last edited: 8 months ago)2016-07-01
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