Sequence Navigator
[概要]
Sequence Navigator はPDBjエントリに対する BLAST 検索を行うサイトです。 PDB ID やアミノ酸配列を入力して検索することができます。結果を類似性の度合いによってクラスタリングする機能もあります。また PDB ID を入力した時は、各配列（ アライメント ）に対して 構造の重ね合わせ を実行できます。
[例]
ここでは「ウシ膵臓トリプシン阻害剤」を例に、類似配列検索の方法を説明します。
基本的な使い方
- Webブラウザで Sequence Navigator を開いて下さい。
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以下のどちらかの方法で配列を指定して下さい。
- 「PDB ID」の直後にある入力ボックスに「1nag」、Chain IDの直後にある入力ボックスに「A」と入力
- 「Input an AA Sequence」の下の入力ボックスに以下の配列情報を入力
RPDFCLEPPYTGPCKARIIRYFYNAKAGLCQTFVYGGCRAKRGNFKSAEDCMRTCG
- Find All Homologsボタンをクリックして下さい。
クラスタリングオプション
配列ナビゲータはBLASTのE値を用いた出力をクラスタリングするオプションがあります。 類似配列が多数見つかり、似た配列をグループ化したい場合に有効です。 クラスタリングの初期設定は「クラスタリングは行わない」になっています。 クラスタリングをONにするには、ページの下にあるCluster by E-valueボタンをクリックして下さい。 E値の初期閾値は0.00001です。+ボタンをクリックしてその値を増やすことができます。-ボタンをクリックすれば値を減らすことができます。 検索条件の準備ができたらFind All Homologsボタンをクリックして下さい。
出力結果
オプションの設定を初期値のまま検索を行った場合、 結果は この ようになるでしょう。 他の種のトリプシンのようによく類似配列もあれば、小さな毒素のようなあまり似ていない配列もあります。 任意の配列を選択して、新しい条件で再検索することができます。 In this way, you can jump from family to family, exploring the relationship between distance sequence homologs.
PDB ID を入力して検索した場合、各配列の 構造の重ね合わせ も見ることができます。実際は２つの superposition があり、１つは RMSD を最小化したものから得られたもので、もう一方は NER を最大化したものから得られたものです。
クラスタリングを行うオプションを選択をして検索した場合、結果は この ようになるでしょう。 各クラスタにはエントリーが１つずつ表示されます。show all alignmentsボタンをクリックすればそのクラスタに分類された全ての配列を見ることができます。
結果ページの上にあるクラスタリングの設定でクラスタリングの条件をいつでも変更できます。
