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URL: http://rdf.wwpdb.org/pdb/

PDB/RDF は Resource Description Framework (RDF)形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語 (Web Ontology Language、OWL)で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これは PDB mmCIF Exchange Dictionary をそのままRDF形式に書き直したものです。

[利用方法]

PDB/RDF は本来ソフトウェアによって利用されることを想定して設計されています。 つまり、プログラムが特定のURLにアクセスすることにより、PDBエントリーのある要素をダウンロードすることができるということです。例えば、

  1. http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF にアクセスすると、PDBエントリー 1GOF のカテゴリ一覧をRDF/XML形式で取り出すことができます。
  2. Object列のリンク(例: http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entityCategory )をたどると、カテゴリ内の要素をRDF/XML形式で取り出すことができます。
  3. 更にObject列のリンク(例: http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity/1 )をたどると、その要素の属性・子要素の一覧を取り出すことができます。

以下に示すのは http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity/1 から得られたRDF/XMLファイルの例です。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="http://rdf.wwpdb.org/pdb-rdf.xsl" ?>
<rdf:RDF xmlns:PDBo="http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#" 
         xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" 
         xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
  <PDBo:PDBID rdf:about="http://pdbj.org/pdb/1GOF">
    <rdfs:label>1GOF</rdfs:label>
  </PDBo:PDBID>
  <rdf:Description rdf:about="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity/1">
    <PDBo:of_datablock rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF"/>
    <PDBo:entity.formula_weight>68579.250</PDBo:entity.formula_weight>
    <PDBo:entity.id>1</PDBo:entity.id>
    <PDBo:entity.pdbx_description>GALACTOSE OXIDASE</PDBo:entity.pdbx_description>
    <PDBo:entity.pdbx_ec>1.1.3.9</PDBo:entity.pdbx_ec>
    <PDBo:entity.pdbx_number_of_molecules>1</PDBo:entity.pdbx_number_of_molecules>
    <PDBo:entity.src_method>man</PDBo:entity.src_method>
    <PDBo:entity.type>polymer</PDBo:entity.type>
    <PDBo:link_to_enzyme rdf:resource="http://purl.uniprot.org/enzyme/1.1.3.9"/>
    <PDBo:referenced_by_entity_keywords rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity_keywords/1"/>
    <PDBo:referenced_by_entity_poly rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity_poly/1"/>
    <PDBo:referenced_by_entity_src_gen rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/entity_src_gen/1"/>
    <PDBo:referenced_by_struct_asym rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/struct_asym/A"/>
    <PDBo:referenced_by_struct_ref rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF/struct_ref/1"/>
    <rdf:type rdf:resource="http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#entity"/>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>

[ヒューマンインターフェース]

wwPDB/RDF はソフトウェアが利用することを想定して設計されていますが、ヒトが見てPDBの様々な要素間の関係を理解するのにも役立ちます。 現在一般的なブラウザであれば、PDB/RDF の各URLにアクセスするだけで、RDF/XML形式のファイル内容がHTML形式に整形して表示されます(但し、XSLTを扱えないブラウザでは単にXMLファイルがそのまま表示されます)。

更に、 http://rdf.wwpdb.org/pdb ではPDB ID、属性(predicate)、キーワードを指定して検索することができるインタフェースを用意しています。

[オントロジー]

wwPDB/RDF のオントロジーはPDB mmCIF Exchange Dictionaryを変換して作られたPDBMLスキーマから半自動的に生成されています。OWL オントロジーファイルには以下のURLよりアクセスできます。

クラスや属性の定義についてはこのOWLファイルを参照して下さい。

[大量ダウンロード]

全エントリーのRDFファイルが以下のFTPサイトから取得することができます。

ftp://ftp.pdbj.org/RDF/pdb

2012-07-13 (last edited: more than 1 year ago)2015-10-28
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