Protein Globe

2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。

Protein Globe は、代表的なPDBエントリーを陸に見立てた点で表し、 構造の似ているエントリーほど距離が近くなるよう地球に見立てた球の上に配置して蛋白質の世界を表現したものです。構造が似ているかの判定には ASH プログラムを使っています。 分子の構造的位置づけを視覚的にとらえながら、PDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースとして利用できます。

• 概要
• 前提条件
• 使い方
• 注意
• • Globeは半定量的な情報しか提供していません（準備中です）。
• Protein Globe へのリンクの作り方
• • PDB ID、chain ID、domain ID が全て分かっている場合
  • PDB ID だけが分かっている場合
  • 海と陸の色変更

URL: http://pdbj.org/globe/globe.cgi

[概要]

1. 球の中にある各点（陸に相当）は蛋白質データバンク（PDB）に登録されている構造のうち代表的なものを示しています。
2. 大きなグループではリボン図による折りたたみ構造も合わせて表現しています。
3. ２つの点が近いほど、２つのドメインが構造的に似ていることを意味します。
4. マウスをドラッグすれば球は回転します。点をクリックすればドメインを選択することができます。
5. Shiftを押しながら上下にドラッグすると球が拡大縮小します（図の上のzoomボタンでも拡大縮小を行うことができます）。
6. 選択したドメイン（点）に関する情報を他のPDBjサービスで検索するには、上にあるサービス名が書かれたボタンをクリックします。
7. 点へのリンクは次の例のようになります。 http://pdbj.org/globe/globe.cgi?pdbid=1ashchain=Adomain=1 （PDBIDが「1ash」、鎖IDが「A」、ドメイン番号が「1」の場合）
8. 次のURLで num に0〜59の整数または「random」を指定して海と陸の配色を変更することができます。 http://pdbj.org/globe/globe.cgi?s=num
9. 球は jV （PDBjViewer, バージョン３）を使って描かれています。

[前提条件]

Protein Globeを閲覧するには、Javaランタイム環境（JRE、Java Run-time Environment）がコンピュータにインストールされている必要があります。

これは、球を jV を使って描いていることによります。詳しくは jV のページをご覧下さい。

なお以前はJOGL（Java OpenGL binding）もインストールしておく必要がありましたが、現在は自動的に環境に応じたJOGLがインストールされますので、事前にインストールしておく必要はありません。

[使い方]

1. Protein Globe のURL（上述）にアクセスします。
2. 拡大、回転などを行って、関心のある折りたたみ構造を見て下さい。
3. 点をクリックして点を選択して下さい（ブラウザによってはダブルクリックが必要です）。
   • 折りたたみ構造の図はページの右側に表示されます。
   • 「This domain」と書かれた図は、選択した点の構造ドメインを示しています。
   • 「In PDB」と書かれた図は、PDBエントリー全体の中で一致するものを示しています。
4. Globeアップレットのすぐ上にあるボタンをクリックすると、 表示しているタンパク質（またはペプチド鎖など）の情報を、 PDBj Mine 、 Sequence Navigator 、 Structure Navigator 、 eF-site 、 PDBj Mine の jV アップレットなどの他のサービスにクエリを送信することができます。
5. 構造分類データベースのSCOPとCATHに送信するクエリも作ることができます。

[注意]

Globeは半定量的な情報しか提供していません（準備中です）。

大陸や島の形は時によって変化します（準備中です）。

[Protein Globe へのリンクの作り方]

PDB ID、chain ID、domain ID が全て分かっている場合

直接リンクを作ることができます。 例えば、PDB IDが「1ash」、chain IDが「A」でドメインIDが「1」の場合、 以下のように書くことでリンクが作成できます。

http://pdbj.org/globe/globe.cgi?pdbid=1ashchain=Adomain=1

このリンクをクリックすると、 指定したドメインを示す点が選択された球が表示されます。

PDB ID だけが分かっている場合

PDB ID と chain ID は PDB における標準情報ですが、 domain IDはそうではないため、 domain IDが分からないのを責めることはできません。

その場合、PDB ID だけを指定して以下のように書いてリンクを作成します。

http://pdbj.org/globe/globe.cgi?pdbid=1ash

この例では、幸いPDB ID「1ash」エントリーにはドメインが１つしかないため、 ドメインが自動的に選択され、対応する点が球の中心にくる図が表示されます。 エラーが表示されますがこの場合は無視して問題ありません。

ところが、複数のドメインを持つ PDB ID の場合はどうなるのでしょうか？ 次の例がこれに該当します。

http://pdbj.org/globe/globe.cgi?pdbid=2awa

今回は、球は初期状態のまま表示されます。 また、ページの右中央には３つのボタンが表示されますが、 これはPDB IDエントリー「2awa」に含まれるドメインをそれぞれ示しています。 表示したいドメインがその中にあれば、ボタンをクリックして下さい。 対応する点が球の中心に表示されるようになります。

海と陸の色変更

人には好き嫌いがあり、また同じ人でも時と場合によって好みが変わるかもしれません。 下表に示された値を、Globeのアドレスに「s」パラメータとして指定すれば色を指定することができます。

色指定を入れたアドレスは次のようになります。

http://pdbj.org/globe/globe.cgi?s=xy

xy は 0 から 59 までの整数で、10の位（x）には陸の色を、１の位（y）には海の色を指定します。 x を指定せず y （0〜9）だけを指定することもできます。

例えば、「s=55」と指定すれば、濃緑の海に水色の陸（ http://pdbj.org/globe/globe.cgi?s=55 ）を、「s=39」と指定すれば灰色の海に淡緑の陸（ http://pdbj.org/globe/globe.cgi?s=39 ）で表示されます。

xy の代わりに 'random' と指定すれば、文字通り色はランダムに選択されます。 色は60種の中から選択され、globe読み込み、再読み込みの度に色は再選択されます。