PDBML-extatom

PDBML-extatom ファイルには原子座標情報が簡略化された形式で格納されています。

データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。

• http://pdbj.org/schema/pdbx-v50.xsd

正式なPDBMLファイル（allatomファイル）では、原子座標情報は以下のように表記されています。

例：atom_site 要素

   <PDBx:atom_siteCategory>
      <PDBx:atom_site id="1">
         <PDBx:B_iso_or_equiv>53.29</PDBx:B_iso_or_equiv>
         <PDBx:B_iso_or_equiv_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_x>101.601</PDBx:Cartn_x>
         <PDBx:Cartn_x_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_y>38.534</PDBx:Cartn_y>
         <PDBx:Cartn_y_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_z>-1.962</PDBx:Cartn_z>
         <PDBx:Cartn_z_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
         <PDBx:auth_atom_id>N</PDBx:auth_atom_id>
         <PDBx:auth_comp_id>VAL</PDBx:auth_comp_id>
         <PDBx:auth_seq_id>1</PDBx:auth_seq_id>
         <PDBx:group_PDB>ATOM</PDBx:group_PDB>
         <PDBx:label_alt_id></PDBx:label_alt_id>
         <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
         <PDBx:label_atom_id>N</PDBx:label_atom_id>
         <PDBx:label_comp_id>VAL</PDBx:label_comp_id>
         <PDBx:label_entity_id>1</PDBx:label_entity_id>
         <PDBx:label_seq_id>1</PDBx:label_seq_id>
         <PDBx:occupancy>1.00</PDBx:occupancy>
         <PDBx:occupancy_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:pdbx_PDB_ins_code xsi:nil="true" />
         <PDBx:pdbx_PDB_model_num>1</PDBx:pdbx_PDB_model_num>
         <PDBx:pdbx_formal_charge xsi:nil="true" />
         <PDBx:type_symbol>N</PDBx:type_symbol>
      </PDBx:atom_site>
      <PDBx:atom_site id="2">
         <PDBx:B_iso_or_equiv>47.99</PDBx:B_iso_or_equiv>
         <PDBx:B_iso_or_equiv_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_x>103.062</PDBx:Cartn_x>
         <PDBx:Cartn_x_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_y>38.513</PDBx:Cartn_y>
         <PDBx:Cartn_y_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:Cartn_z>-2.159</PDBx:Cartn_z>
         <PDBx:Cartn_z_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
         <PDBx:auth_atom_id>CA</PDBx:auth_atom_id>
         <PDBx:auth_comp_id>VAL</PDBx:auth_comp_id>
         <PDBx:auth_seq_id>1</PDBx:auth_seq_id>
         <PDBx:group_PDB>ATOM</PDBx:group_PDB>
         <PDBx:label_alt_id></PDBx:label_alt_id>
         <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
         <PDBx:label_atom_id>CA</PDBx:label_atom_id>
         <PDBx:label_comp_id>VAL</PDBx:label_comp_id>
         <PDBx:label_entity_id>1</PDBx:label_entity_id>
         <PDBx:label_seq_id>1</PDBx:label_seq_id>
         <PDBx:occupancy>1.00</PDBx:occupancy>
         <PDBx:occupancy_esd xsi:nil="true" />
         <PDBx:pdbx_PDB_ins_code xsi:nil="true" />
         <PDBx:pdbx_PDB_model_num>1</PDBx:pdbx_PDB_model_num>
         <PDBx:pdbx_formal_charge xsi:nil="true" />
         <PDBx:type_symbol>C</PDBx:type_symbol>
      </PDBx:atom_site>
...

同じ情報が PDBML-extatom 形式では次のように表記されます。

    <PDBx:category_atom_record>
      <PDBx:atom_record id=      "1">  ATOM    1   A    A      1      1  ?  .  VAL  VAL   N  N  N   101.601    38.534    -1.962    1
.00   53.29     1    ? </PDBx:atom_record>
      <PDBx:atom_record id=      "2">  ATOM    1   A    A      1      1  ?  .  VAL  VAL   C  CA  CA   103.062    38.513    -2.159
 1.00   47.99     1    ? </PDBx:atom_record>...

各列の意味については PDBML-extatom XML schema をご覧下さい。

以下のページに別形式のPDBMLについて記しています。合わせてご覧下さい。

• PDBML
• PDBML-noatom