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PDBMLaddはXML形式のPDBデータフォーマットである「PDBML」のデータに対し、個々の分子に関する情報をPDBjで独自に追加したものだけを集めたものです。

追加している内容は、現在のPDBMLでは定義されながら情報が含まれていない分子の機能や実験条件などです。また、Gene Ontologyに関する情報、PDBjで提供している分子Viewer「jV」に関する情報などPDBjで独自に拡張した内容もあります。

PDBMLaddの構造を記したスキーマファイルは以下のページから参照できます。

また、以下のURLで、直接PDBMLaddのスキーマを参照することもできます。

PDBMLaddファイルは下記URLからダウンロードできます。

ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_add/[PDBID(小文字)]-add.xml.gz
例:PDBID 100dの場合
ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_add/100d-add.xml.gz

データのダウンロード も参照下さい。

2013年11月6日(水)に、PDBMLaddファイルとスキーマが公開されました

PDBMLaddのスキーマには、以下のように、PDBjにおいて何らかの注釈が加えられたカテゴリを含んでいます。

注釈が加えられたカテゴリ

以下のカテゴリが追加されています。 追加されたカテゴリ名には、接尾辞として_pdbmlplusが付いており、PDBjで注釈が加えられていることが明確になっています。

  • exptl_crystal_grow_comp_pdbmlplusCategory
  • exptl_crystal_grow_pdbmlplusCategory
  • exptl_crystal_pdbmlplusCategory
  • refine_ls_restr_pdbmlplusCategory
  • refine_ls_shell_pdbmlplusCategory
  • refine_pdbmlplusCategory
  • reflns_pdbmlplusCategory
  • reflns_shell_pdbmlplusCategory
  • software_pdbmlplusCategory
  • struct_ref_pdbmlplusCategory
  • struct_ref_seq_pdbmlplusCategory
  • struct_ref_src_pdbmlplusCategory
  • citation_author_pdbmlplusCategory
  • citation_pdbmlplusCategory

機械的に追加されたもの

以下のカテゴリは他のデータベースの情報を参照して情報が追加されたカテゴリです。 追加された情報は機械的に抽出されたものです。

  • struct_site
    • UniProt/SwissProt、Prosite、Catalytic Site Atlas (CSA) より抽出。
  • struct_site_gen
    • UniProt/SwissProt、Prosite、and Catalytic Site Atlas (CSA)、CATRESより抽出。
  • struct_ref
    • UniProt、PFam、SIFTSより抽出。
  • struct_ref_seq
    • UniProt、PFam、SIFTSより抽出。
  • gene_ontology
    • UniProt より抽出した遺伝オントロジー(Gene ontology)の情報。
2013-11-08 (last edited: more than 1 year ago)2014-01-24
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