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分子ビューアについて

PDBjウェブサイトでは、下記の分子ビューアを使い、マウスなどで対話的に分子を操作し閲覧できる分子閲覧ページを用意しています。 各分子ビューアの特徴を以下に記します。

分子ビューア名 コードタイプ 開発元 備考
jV Java PDBj Java Appletが動作する環境はPC用OSに限られる。 Java Appletの制約は厳しくなる傾向にある。
Molmil WebGL PDBj 動作が軽快で、PC用OSだけではなくモバイル環境(AndroidやiOS)でも動作する。 WebGLをサポートしない古い環境では動作しない。
Jmol Java オープンソース Java Appletが動作する環境はPC用OSに限られる。 Java Appletの制約は厳しくなる傾向にある。
JSmol JavaScript オープンソース PC用OSだけではなくモバイル環境(AndroidやiOS)でも動作する。 動作が重い。

分子ビューアのサポート状況

分子ビューアページを用意しているサービスと利用できる分子ビューアは以下の通りです。

サービス 分子ビューア
jV Molmil Jmol JSmol
PDBj Mine(PDBデータブラウザ)非対称単位
PDBj Mine(PDBデータブラウザ)生物学的単位 -
Chemie(化合物ブラウザ)
EDMap(電子密度マップ)
Sequence Navigator / Structure Navigator
Promode Elastic
eF-site
今月の分子

その他

  • 実際のパフォーマンスは、分子ビューアやウェブブラウザ、お使いの機器のスペックによって変わることにも注意してください。
  • Google Chromeブラウザは、最近の改訂でJavaが使用する古いプラグインシステムをサポートしなくなったため、Java Appletが動作しません。そのため、jVとJmolの分子ビューアページは利用できません。 Chromeユーザは、Molmil又はJSmolの分子ビューアページをみるか、または古いプラグインをサポートしているFirefox等の他のブラウザをお使い下さい。
  • Javaが検出されなければ、jVやJmolビューアのリンクは表示されません。 お使いの環境にJavaがインストールされて有効になっているかどうかを確認するために、ブラウザのテストページで、ブラウザのJavaのサポート状況をご確認ください。
  • Mac OS 10.6環境ではJmolページを正常に表示することができません。代わりにJSmolページなど他の分子ビューアページをご利用下さい。

Mine 非対称単位

  • 静止画像
    • 非対称単位の静止画像は、Molmilを使って作成しています。
  • 利用可能なビューア
    • jVJmolは、分子構造の分子量が1.25MDより小さい場合に、Java実行環境(JRE)がインストールされた非モバイル機器で利用できます (iOSAndroid等のモバイル機器は、Javaアプレットに対応していません)。
    • Molmilは、webGLがサポートされた機器で、圧縮されたPDBx/mmCIFファイルサイズが20MBより小さい場合に利用できます。 64ビットのブラウザ(JavaScriptエンジンの制限があるChromeを除く)では、ファイルサイズの上限は100MBになります。 但し、こういった巨大な構造を読み込むためには、8GBを超える大きなメモリも必要であることに注意してください。
    • JSmolはパフォーマンス上の理由のため、圧縮されたPDBx/mmCIFファイルサイズが1MBより小さい場合のみ利用できます。

Mine 生物学的単位

  • 静止画像
    • 生物学的単位の静止画像は、Molmilを使って作成しています。
    • Molmilの表面構造(coarse surface)は、UCSF Chimeraのマルチスケールモデルを参考にしています*1)
  • 利用可能なビューアは、jVMolmilです。jVとMolmilの利用条件は、非対称単位の場合と同じです。

*1) Software extensions to UCSF chimera for interactive visualization of large molecular assemblies.
Goddard, T.D., Huang, C.C., Ferrin, T.E. Structure 13: 473-482 (2005) [doi:10.1016/j.str.2005.01.006]

2014-08-21 (last edited: 4 months ago)2016-11-18
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