PDBj Mine:ローカルインストール

PDBjで提供しているデータベースダンプファイルをロードすることにより、 PDBj Mineの関係データベースをローカルにインストールすることができます。

このデータベースダンプファイルは、最新のPostgreSQLで作られています。

今後、ローカルデータベースをインストールし、維持していくための管理用スクリプトなども公開していく予定です。 質問等ございましたら、PDBjのお問い合わせページからお願いします。

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必須要件

• 最新のPostgreSQL 12以上が推奨バージョンです(それより古いバージョンは動作するかもしれませんが、テストしておりませんので推奨いたしません）。
• 最低限50GBのハードディスク容量が必要です(今後のアップデートデータを考慮すると、75GB以上のハードディスク容量が望ましいでしょう）。

ダンプファイルのダウンロード

ダンプファイルはPDBjのデータサイト（https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/)からダウンロードできます。 内容は以下の通りです。

• PDBデータ: https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/pdbj.mine2.dump
• 化合物（chem_comp）データ: https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/cc.mine2.dump
• 化合物モデルデータ（CSD情報）: https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/ccmodel.mine2.dump
• BIRDデータ: https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/prd.mine2.dump
• EMDBデータ: https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/emdb.mine2.dump

ゼロからのRDBローディング

まず、最初にPostgreSQLは、以下の手順でMine 2 RDBを準備する必要があります。（既に済んでいる場合は、以下のステップは省略できます。）

  % createuser -s pdbj
  % createdb mine2

PDBjデータサイトから完全なダンプファイルをダウンロードします（代わりに分割ファイルを使うこともできます）。

  % wget https://data.pdbjbk1.pdbj.org/pdbjplus/mine2/dump/pdbj.mine2.dump

pg_restoreコマンドにより、データベースにデータを追加することができます。

  % pg_restore -d mine2 pdbj.mine2.dump -Updbj -j16

残りのスキーマも同じやり方でpg_restoreを使ってmine2データベースへロードできます。

週次更新

ローカルのMine2 RDBデータを更新するために、新しいシステムを開発しました。 これについてはGitLabのMine 2 RDB更新ソフトウェアで詳しく記載しています。 この新しいシステムは、以前利用されていた差分ファイル（デルタファイル）更新システムに代わるものです。

データベースの更新日

データベース(RDB)は、毎週、wwPDBディクショナリの最新版に自動更新されるようになりました。