SQL検索

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PDBj Mine（https://pdbj.org/rdb/search）のSQL検索ではSQLというデータベース問い合わせ言語を使って、データベースに問い合わせを行い結果を得ることができます。 SQL検索では詳細な条件での検索もできますが、利用するにはPDBのデータ構造やSQLの文法についても知識が必要です。PDBj MineデータベースはPDBx/mmCIFのデータ構造に基づいてつくられており、以下のような仕様となっています。

• カテゴリ名がそのままテーブル名になっています（例：entityCategoryの内容はentityテーブルに格納）
• 各テーブルにはpdbidという項目（カラム）が追加されており、どのPDBIDのデータであるのかが識別できるようになっています
• 原子座標情報が記されたatom_siteCategoryだけは情報量が多いためデータベースに格納されていません。

PDBx/mmCIFのデータ仕様について詳しくはmmCIF交換辞書を、 PDBj Mine関係データベースの構造について詳しくはMine 2 関係データベースに関する文書をご覧ください。

その他、

• SQL検索はREST APIでも利用できます。
• 検索結果はウェブページに表示されますが、XML、CSV（コンマ区切り）、TSV（タブ区切り）などの各書式ファイルでダウンロードすることもできます。結果のダウンロードについては、PDBj Mine 検索結果もご覧ください。
• 利用しやすいように、詳細検索に必要な情報を抽出した「brief_summary」テーブルやいくつかの支援関数を定義しています。

• SQL文の基本的な書式
• 主要項目テーブル「brief_summary」を使う
• 追加の情報を使う（PDBMLadd、SIFTS、BIRD辞書、CSD）
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