5-3) 登録構造には水素原子間のクラッシュがないのに、検証レポートで指摘されているのはなぜですか？ - validation FAQ -

MolProbityのクラッシュスコアは、水素原子を構造に付加し、クラッシュの有無を解析することによって動作します。 特に、水素原子を実際には置かずに、構造の中で改善できる領域を見つける際に役に立ちます （水素原子が精密化において考慮される構造においては、あまり役に立ちません）。