6-2) リガンドの検証結果、なぜこれほど多くの外れ値が出るのでしょうか？ - validation FAQ -

いくつか理由があります。 例えば、リガンドに対する幾何学的制限を生成するために使われた方法が良くなかった、という場合です。 （次のFAQを参照してください） 電子密度にへの重ね合わせが誤っている場合や、問題のあるX線の重みを使った精密化が行われた場合にも、外れ値が導かれます。 検証パイプラインソフトウェアが、分子の化学について誤った記述をMogulツールに提供している場合も、外れ値につながります。 初期の検証レポートでは、このようなケースが生じることがありますが、 最終版の検証レポートでは、そのリガンドに対するPDBの化合物定義が、化学的な説明の根拠に使われるため、このようなケースが起こることは滅多にありません。