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最新の情報は、wwPDB: wwPDB OneDep System (英語)をご覧ください。


wwPDB OneDep システム

概要

wwPDBのパートナーは協力して、次世代のPDB登録・アノテーションツールを開発してきました。 新システムは、この先10年にわたって進化し続ける登録に関する要求に、wwPDBが対応していくために開発されました。 新システムは、wwPDBの全登録拠点にまたがる登録・アノテーションシステムを統合し、PDBアーカイブのデータ品質と完全性を改善することに焦点をあてるとともに、登録数の増加や登録構造のサイズや複雑さの増大にも対応しています。

wwPDB OneDep システム

新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、PDBへの原子座標の登録と、EMDBへのEM電子密度マップの登録、又はBMRBへのNMR実験データの登録を、合せて行うことができます。構造が登録されれば、PDBとEMDB、BMRBのアクセションコードが発行されます。

登録機能の特徴

  • wwPDB全拠点で共通のウェブインターフェースとなります。
  • 新システムでは、PDBxの登録(PDB_EXTRACTの出力)から、全ての情報を容易に抽出でき、手入力は最小限で済みます。
  • 公開済みのPDBエントリーや現在登録中のエントリーに基づいて、登録できます。
  • 登録の開始後、完了前に、座標や実験データのファイルを差し替えることができます。
  • 登録後のPDBファイルをプレビュー画面や、ダウンロードで確認できます。
  • PDBx/mmCIFがマスターフォーマットとなります。新システムではPDBx/mmCIF形式のデータを受け付け、処理、配布します。
  • データの検証は各分野の特別作業班(Validation Task Forces) (X-ray | EM | NMR)の提言に基づいています。
  • リガンド立体構造、ポリマー配列の整合性に対するチェックが改良されています。

編集(アノテーション)機能の特徴

  • 検証モジュール
    • 検証は、各分野の特別作業班(X-ray | EM | NMR)からの提言に基づいて行われます。
    • 登録者が検証結果を確認したり、論文へ投稿できるよう、PDFの検証レポートを作成します。
    • 重要なデータや精密化の統計情報をまとめた表を表示します。
  • ステータス追跡やファイルのバージョン管理が改善されています。
  • リガンドや配列の比較において、2次元・3次元ビューのインターフェースが改善されます。
  • 登録に基づいて計算された構造
    • 二次構造や結合部位、リンク、生物学的単位の予測など自動的に抽出されたデータが表形式のユーザインターフェースや3次元描画で表示され、必要に応じて編集します。
2015-10-15 (last edited: 3 months ago)2016-12-12
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