CIF QUERY サービス
概要
CIFクエリサービスは、XPath検索でPDBMLファイルからその一部を取り出すのと似た方法で、mmCIFファイルの一部分を取り出すことができます。XPath検索のように条件付きで検索することはできませんが、もし希望があるなら実装を検討します。また、mmCIFクエリサービスではXPath検索とは異なり、atom_siteカテゴリや巨大構造エントリーも検索することができます。
例
PDB ID「1GOF」のmmCIF内容を得る
1gof
PDB ID「1GOF」の化合物情報のmmCIF内容を得る
1gof/chem_comp
PDB ID「1GOF」の化合物情報のIDと化学式量のmmCIF内容を得る
1gof/chem_comp.id,formula_weight
PDB ID「1GOF」の化合物情報のIDと化学式量とpdbx_entity_nonpolyのmmCIF内容を得る
1gof/chem_comp.name,id,formula_weight;pdbx_entity_nonpoly
指定したPDBIDの構造名を得る
PDBID/struct.title
指定したPDB IDのヘッダ情報を得る
PDBID/struct_keywords.pdbx_keywords
指定したPDB IDのシート情報を得る
PDBID/struct_sheet_range
指定したPDB IDの化合物情報を得る
PDBID/entity
指定したPDB IDのらせん情報を得る
PDBID/struct_conf
指定したPDB IDのseqres情報を得る
PDBID/pdbx_poly_seq_scheme
指定したPDB IDの遺伝子源生物の学名を得る
PDBID/entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
指定したPDB IDのソース生物のTaxonomyIDを得る
PDBID/entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id
作成日: 2021-02-05 (最終更新日: more than 1 year ago)