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WiLiKiの編集

このページの目次:


はじめに

wiki はウェブブラウザを使ってウェブページを閲覧・編集できるようにしてくれるウェブベースのソフトウエアです。 wikiクローンと呼ばれる、様々なプログラミング言語で書かれた多くのwikiシステムが存在します。 ここで使っているWikiクローンはWiLiKi(詳しくはWiLiKi:WiLiKi参照)と呼ばれるもので、プログラミング言語Lispの主な方言の1つ、Scheme(スキーム)の一種Gauche(ゴーシュ)を使っています。

このページはWiLiKiを使ってどのようにWikiページを書けばいいのかについて、大半のことが書いてあります。

以下に挙げたのは、このシステムを使う際の注意事項です。

  1. HTMLのタグは使えません。Wikiでできることは限られますが、簡単にウェブページを編集できる環境を提供してくれます。
  2. 画像は *.pdbj.org または *.protein.osaka-u.ac.jp にあるものしか表示できません。
  3. もし何か問題を見つけたら、金城玲(Akira Kinjo)まで連絡して下さい。
  4. このWikiシステムにはいくつかのバグがありますが、問題になることはほとんどありません。

他のWikiページへのリンクの作り方

他のWikiページへのリンクを作成するには、ページの名前を[[]]で囲んで下さい。 Wikiページのページ名はWiki名(WikiName)と呼ばれています。

一般的なURLへのリンクは、単にURLを記述するだけで作成できます(URL的な記述が自動的に判断されてリンクが設定されます)。もしURLとは別の名前でリンクを作成したい場合は、URLの後に空白を空けて表示したい名前を記述し、それら全体を角かっこ("[" と "]")で囲んで下さい。

例:

[[タンパク質入門]]

http://pdbj.org/

[http://pdbj.org/ PDBj Home]

結果:

タンパク質入門

http://pdbj.org/

PDBj Home

新しいWikiページの作り方

"ほげほげ"という新しいページは、そのページへのリンクを書くだけで作成できます。

[[[ほげほげ]]

と書くだけで、ほげほげ? のようなものができます。ページ名の後に疑問符(?)があるのに注意して下さい。 この ? をクリックするとそのページの編集画面に入ることができます。

コメントと行の継続

  • ";;" で始まる行はコメントとして扱われ、HTMLには出力されません。
  • "~" 始まる行は前の行と続いているものとして扱われます(前の行がコメント行である場合を除く)。

例:

;; これはコメントです。
普通の行です。
~ 前の行に続きます。
;; コメント行があっても単純に無視されます。
~ 更に続きの行です....

結果:

普通の行です。 前の行に続きます。 更に続きの行です....

段落、改行、 <hr> (水平線)

連続する行は1つの段落として扱われます。 段落を分けるには、空白行を段落間に置きます。

強制的に改行(HTMLの<br>に相当する処理)をしたい場合、行の最後に"
"を記入します。

水平線(HTMLの<hr>に相当)を表示したい場合、"----"のみを記した行を置きます。

例:

最初の段落。
まだ最初の段落。

2つ目の段落。強制改行 -> ~% ここから次の行。
----

結果:

最初の段落。 まだ最初の段落。

2つ目の段落。強制改行 ->
ここから次の行。


節のタイトル

アスタリスク * で始まる行は見出しになります。*、**、***...のようにアスタリスクの数が増える程、小さな見出しになります。

例:

* 見出し1
** 見出し2
*** 見出し3
**** 見出し4
***** 見出し5

結果:

見出し1

見出し2

見出し3

見出し4
見出し5

文字の修飾

2つのシングルクォート('')で挟んだものは強調表示されます(HTMLの<em>相当)。 3つのシングルクォート(''')で挟んだものはもっと強調表示されます(HTMLの<strong>相当)。 これらの文字修飾は複数行に渡って自動的には適用されません。もし複数行に文字修飾を適用したい場合は、~ を使って行をつないで下さい。

特別な機能を持つ文字列を表示したい時は、空の修飾(シングルクォート6つ、など)が使えます。

:

''強調した (<em>)'' 言葉と、'''もっと強調した(<strong>)''' 言葉。

''強調は
~行をまたいでも有効''

特殊文字列(~''''''% のように何らかの機能を持つ文字列)を表示するための空の修飾。※~''''''% は強制改行。

結果:

強調した (<em>) 言葉と、もっと強調した(<strong>) 言葉。

強調は行をまたいでも有効

特殊文字列(~% のように何らかの機能を持つ文字列)を表示するための空の修飾。※~% は強制改行。

各種リスト形式

"-" で始まる行は番号のつかないリスト(HTMLの<ul>に相当)を、"#" で始まる行は番号つきリスト(HTMLの<ol>に相当)を生成します。"-" や "#" を、"--"、"---"... や "##"、"###"... といったように記号を増やしていくと、リストの階層が深くなっていきます。

定義リスト(HTMLの<dl>に相当)は、行の最初にコロン(:)を置きます。基本的な使い方は "見出し:説明" です。 この例では、説明部分は次の行に置くこともできます。ただ、説明部分に ":" を含む場合は、説明部分は必ず次の行に置いて下さい(見出しに ":" を含むのは構いません)。

Example.

- はじめに
## 1章
--- 1.1節
--- 1.2節
## 2章
--- 2.1節
--- 2.2節
--- 2.3節
- 結論

:FORTRAN: FORmula TRANslation(式を翻訳するもの)
:LISP: 
LISt Processor / Lots of Irritating, Silly Parentheses~%
(リストを処理するもの/多くのいらいらさせるもの、ばかなかっこ)
:Perl: Practical Extraction and Report Language /
Pathologically Eclectic Rubbish Lister~%
(実用的なデータ取得レポート作成言語/病的折衷主義のガラクタ出力装置)

Output:

  • はじめに
    1. 1章
      • 1.1節
      • 1.2節
    2. 2章
      • 2.1節
      • 2.2節
      • 2.3節
  • 結論
FORTRAN

FORmula TRANslation(式を翻訳するもの)

LISP

LISt Processor / Lots of Irritating, Silly Parentheses
(リストを処理するもの/多くのいらいらさせるもの、ばかなかっこ)

Perl

Practical Extraction and Report Language / Pathologically Eclectic Rubbish Lister
(実用的なデータ取得レポート作成言語/病的折衷主義のガラクタ出力装置)

整形済みテキスト,「そのまま」表示

空白で始まる行は、整形済みテキストとして表示されます(HTMLの<pre>相当)。 そのような行が続くと、それらは1つの<pre>ブロックとして扱われます。ブロック内でもWiki名、URL、インライン修飾は有効です。

{{{だけを書いた行と、}}}だけを書いた行との間の行に書かれた文字が整形済みテキストになります。この中でWiki名は処理されません。

:

 空白1個で始まる行(<pre> ブロック)
 ''強調'' 、 [[Topics]] (WikiName) 、 http://pdbj.org/
 は処理されます。
 この場合も処理されます: [http://pdbj.org/ PDBj Home].

 {{{←※下の結果では行頭の空白は除去しています。
 {{{ と }}} で挟まれた行は記述通りに表示するブロックとして扱われます。こちらは、
 ''強調'' 、 [[Topics]] (WikiName) 、 http://pdbj.org/ 、 
 [http://pdbj.org/ PDBj Home] 
 は処理されません。
 注意
 文字列は、
 そのまま。
 現れます。
 自動的には行は継続しません...
 }}}←※下の結果では行頭の空白は除去しています。

結果:

 空白1個で始まる行(<pre> ブロック)では
 強調Topics (WikiName) 、 http://pdbj.org/
 は処理されます。
 この場合も処理されます: PDBj Home.
 {{{ と }}} で挟まれた行は記述通りに表示するブロックとして扱われます。こちらは、
 ''強調'' 、 [[Topics]] (WikiName) 、 http://pdbj.org/ 、 
 [http://pdbj.org/ PDBj Home] 
 は処理されません。
 注意
 文字列は、
 現れます。
 自動的には行は継続しません...

引用

"<<<"だけを記した行と、">>>"だけを記した行との間にある行は引用文として処理され、その部分に囲み枠がつきます(HTMLの<blockquote>相当)。引用は入れ子構造にすることができます。

:

<<<
ツァラトゥストラはかく語りき:
<<<
ALSO also Also!
>>>
period.
>>>

結果:

ツァラトゥストラはかく語りき:

ALSO also Also!

period.

画像を貼付ける

画像は、pdbj.org/* または *.protein.osaka-u.ac.jp/* に置かれたもののみ表示されます。その他のサイトに置いた画像は表示されず、その画像へのリンクだけが表示されます。

:

[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/8abp_y.jpg]]

[[$$image http://fuji-maru.sakura.ne.jp/jpg/805-31_240x320.jpg]]

結果:

[image]


画像サイズを指定する

次のように書いて、画像サイズを指定することができます。

:

幅100(ピクセル)
[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/8abp_y.jpg width=100]]
幅30(ピクセル)
[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/135l_x.jpg width=30]]

結果:

幅100(ピクセル) 幅30(ピクセル)


eProtS用にアップロードした画像を表示する

画像アップロードページ(要認証、IDとパスワードはこちら)でアップロードしたファイルを使うには

[[$$eprots-fig ''PDBID''/''ファイル名'']]

のように記します。

例:

[[$$eprots-fig 2ZUO/fig01.png]]

結果:


代替文字列を指定する

次の例のように、"alt="に続けて文字を書くと、 画像が表示できない場合の代替文字列を指定することができます。 代替文字列に半角空白を含むことはできません。 アンダーバーなどで代替して下さい。

:

[[$$eprots-fig 8ABP/closeup.jpg alt=closeup width=200]]

結果:

closeup

表(テーブル)

行頭と行末に"||"があると、その行は表の1つの行になります。 表の行を続けて表を作成することができます。

:

|| 列1 || 列2 || 列3 ||
|| 1 || 2 || 3||
||[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/8abp_x.jpg width=100]]
~||[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/8abp_y.jpg width=100]]
~||[[$$image http://pdbj.org/pdb_images/8abp.jpg width=100]]||

結果:

列1 列2 列3
1 2 3

PDBjの他のサービスへのリンクの作り方

InterWikiNameに定義を書き込んで利用することができます。

:

- [[xPSSS:1GOF]]
- [[jV3:1GOF]]
- [[eF-site:1GOF]]

結果:

便利なマクロ

PDB IDの primary citation を書き込む

[[$pdbj_citation 1gof]]

と書いてコミットすると,PDB ID 1gof のprimary citation が以下のように展開されます:

Ito, N. Phillips, S.E. Stevens, C. Ogel, Z.B. McPherson, M.J. Keen, J.N. Yadav, K.D. Knowles, P.F.; "Novel thioether bond revealed by a 1.7 A crystal structure of galactose oxidase."; Nature; (1991) 350:87-90 PubMed:2002850.

"$"が一つだけであることに注意してください ("$"が1つだけのマクロは、書き込み時に情報を取得し、該当する文字列に置き換えられます。連続して2つ"$"がつくマクロは表示の都度情報が取得されます。) .

PDB ID のEC (Enzyme Code)番号を書き込む

[[$pdbj_ec_number 1gof]]

と書いてコミットすると,1gof の EC 番号が以下のように展開されます.

Enzyme:1.1.3.9

これは http://www.expasy.org/enzyme/ へのリンクになっています. もし与えた PDB ID にEC番号がない(酵素でないか註釈されていない)場合には何も表示されません.

バグ: 1j00 のようなエントリーは EC番号が変則的に注釈付けされているので,誤ったリンクになってしまうことに注意してください.=> 修正しました 2007/01/26 13:38:12 JST

[[$pdbj_ec_number 1j00]]

-> Enzyme:3.1.2.- Enzyme:3.1.1.5

その他のマクロ

日付

現在のページをコミットした日付を表示する方法。
注:このマクロは他のマクロとは異なり"$"マークは1つです。

:

[[$date]] is the time when this page was committed.

結果:

2007/01/18 16:56:33 JST is the time when this page was committed.


目次

Wikiページの目次を表示する方法。
※分かりやすくするため、目次部分を引用枠で囲んでいます(<<< ... >>> コマンド)。

:

TOC of [[Topics]]:
[[$$toc Topics]]

現在のページの索引を表示する。
<<<
[[$$toc]]
>>>

結果:

TOC of Topics:

    現在のページの索引を表示する。


    索引

    "PDB"で始まるページのリストを表示する。

    [[$$index PDB]]
    

    結果は長くなるので略.


    コンパクトな索引

    コンパクトな索引を表示します。

    ※分かりやすくするため、引用内容全体を引用枠で囲んでいます(<<< ... >>> コマンド)。

    :

    <<<
    [[$$cindex PDB]]
    >>>
    

    結果:

    PDB:1A0O PDB:1A1R PDB:1ADQ PDB:1AO7 PDB:1AON PDB:1AOR PDB:1ATN PDB:1B7F PDB:1B7T PDB:1B89 PDB:1BBT PDB:1BHM PDB:1BJ3 PDB:1BKV PDB:1BL8 PDB:1BNA PDB:1BOV PDB:1BRP PDB:1BY1 PDB:1BYI PDB:1C17 PDB:1C4Z PDB:1C9S PDB:1CAG PDB:1CD3 PDB:1CDW PDB:1CEO PDB:1CGP PDB:1CLL PDB:1CMA PDB:1CQE PDB:1CRN PDB:1CS6 PDB:1CX8 PDB:1D0G PDB:1D1S PDB:1D7P PDB:1DAA PDB:1DD5 PDB:1DFA PDB:1DFJ PDB:1DT9 PDB:1DX0 PDB:1E3G PDB:1E79 PDB:1EBM PDB:1ECR PDB:1EDH PDB:1EEJ PDB:1EHZ PDB:1EMA PDB:1EPW PDB:1ERK PDB:1ES7 PDB:1EWN PDB:1F31 PDB:1F5A PDB:1F7U PDB:1F88 PDB:1FDL PDB:1FE1 PDB:1FHA PDB:1FIG PDB:1FIN PDB:1FKF PDB:1FOS PDB:1G9B PDB:1GC1 PDB:1GCB PDB:1GDT PDB:1GG5 PDB:1GKA PDB:1GRN PDB:1GT0 PDB:1H76 PDB:1HAN PDB:1HLG PDB:1HQH PDB:1HSA PDB:1HW7 PDB:1I1B PDB:1I6H PDB:1IBC PDB:1IGT PDB:1IOD PDB:1IPA PDB:1IPD PDB:1IVD PDB:1IWG PDB:1IWO PDB:1J0S PDB:1J1D PDB:1J2J PDB:1J4N PDB:1J7N PDB:1JB0 PDB:1KF1 PDB:1KZU PDB:1L2Y PDB:1LBI PDB:1LCI PDB:1LDD PDB:1LNQ PDB:1LPE PDB:1LWS PDB:1MAH PDB:1MAZ PDB:1MBN PDB:1MEL PDB:1MME PDB:1MXI PDB:1MXR PDB:1N7D PDB:1N9E PDB:1NCI PDB:1NCL PDB:1NOS PDB:1OCO PDB:1OED PDB:1ORQ PDB:1OTZ PDB:1P1M PDB:1P7B PDB:1PHO PDB:1PNL PDB:1POD PDB:1PRC PDB:1Q21 PDB:1Q67 PDB:1QLX PDB:1R1K PDB:1R5U PDB:1RH2 PDB:1RH5 PDB:1RJ9 PDB:1RNI PDB:1RO7 PDB:1RP4 PDB:1RRQ PDB:1RVA PDB:1RVC PDB:1RWT PDB:1RYP PDB:1S5L PDB:1SFO PDB:1SG1 PDB:1SG2 PDB:1SLQ PDB:1SMD PDB:1SOR PDB:1SPD PDB:1SVM PDB:1SXJ PDB:1T16 PDB:1TAU PDB:1TEZ PDB:1TPH PDB:1TRN PDB:1TRO PDB:1TU3 PDB:1TYE PDB:1U04 PDB:1U5T PDB:1U6B PDB:1UDT PDB:1UET PDB:1UJ1 PDB:1UL9 PDB:1ULH PDB:1UOR PDB:1UPK PDB:1URU PDB:1UUN PDB:1UW1 PDB:1V0E PDB:1VF5 PDB:1VFP PDB:1VNC PDB:1W26 PDB:1W36 PDB:1W44 PDB:1W6J PDB:1W85 PDB:1W93 PDB:1WAP PDB:1WBE PDB:1WBP PDB:1WC0 PDB:1WC8 PDB:1WCO PDB:1WFB PDB:1WMI PDB:1WYW PDB:1XFH PDB:1XIO PDB:1XIP PDB:1XNX PDB:1XTC PDB:1Y0Q PDB:1Y64 PDB:1YBH PDB:1YF2 PDB:1YJP PDB:1YMT PDB:1YPZ PDB:1YSA PDB:1YUC PDB:1Z25 PDB:1Z3I PDB:1Z6T PDB:1Z7C PDB:1Z8U PDB:1ZAA PDB:1ZAT PDB:1ZB6 PDB:1ZBB PDB:1ZCD PDB:1ZH1 PDB:1ZIW PDB:1ZWI PDB:1gaq PDB:1wso PDB:1wuz PDB:2A3V PDB:2A65 PDB:2A66 PDB:2A6T PDB:2AHY PDB:2AJE PDB:2AQE PDB:2AVX PDB:2B5L PDB:2BA0 PDB:2BBJ PDB:2BDW PDB:2BE5 PDB:2BGG PDB:2BM4 PDB:2BNH PDB:2BR4 PDB:2BRQ PDB:2BYV PDB:2C7N PDB:2C7Y PDB:2C8M PDB:2C9L PDB:2CME PDB:2CYP PDB:2DFS PDB:2ES4 PDB:2EWY PDB:2EY4 PDB:2EYQ PDB:2EZ6 PDB:2F5X PDB:2F6J PDB:2F8O PDB:2FD6 PDB:2FDC PDB:2FFL PDB:2FK6 PDB:2FO1 PDB:2FQZ PDB:2FSN PDB:2G54 PDB:2GDI PDB:2GIS PDB:2GJE PDB:2GVG PDB:2GVJ PDB:2GW1 PDB:2GXA PDB:2GY7 PDB:2GZD PDB:2H13 PDB:2H7E PDB:2H94 PDB:2HD0 PDB:2HVQ PDB:2HVY PDB:2HYD PDB:2IAE PDB:2IMS PDB:2IO5 PDB:2IUU PDB:2J0S PDB:2KL8 PDB:2LBD PDB:2LYZ PDB:2NPP PDB:2NVU PDB:2NY7 PDB:2NYM PDB:2OAR PDB:2OBD PDB:2OCC PDB:2ODJ PDB:2OKJ PDB:2ONK PDB:2PJY PDB:2PM7 PDB:2POL PDB:2Q1H PDB:2Q21 PDB:2QCS PDB:2QTS PDB:2QYU PDB:2R9R PDB:2RH1 PDB:2RIO PDB:2SRC PDB:2VDD PDB:2VJV PDB:2Z7X PDB:2ZBD PDB:2ajf PDB:2cwr PDB:2d49 PDB:2ddu PDB:2dsk PDB:2e30 PDB:2e8d PDB:2efd PDB:2ic8 PDB:2roe PDB:2yad PDB:2yxf PDB:2zb6 PDB:2zot PDB:2zuo PDB:2zw3 PDB:3BEP PDB:3BG0 PDB:3BT7 PDB:3C7N PDB:3CRV PDB:3HHR PDB:3HVT PDB:3MIN PDB:3a6m PDB:3a6p PDB:3a8r PDB:3aag PDB:3aek PDB:3al8 PDB:3alz PDB:3csy PDB:3cxe PDB:3err PDB:3jrs,3jrq PDB:3klr PDB:3p0g PDB:3x2d PDB:4BLM PDB:4GCR PDB:4HTC PDB:4INS PDB:4RHV PDB:4l72 PDB:5BNA PDB:7HVP PDB:9PAP

    [[$$cindex PDB /]]
    

    と書くと、"/" が分離記号として使われます。他の文字も使えます。

    ※但し、リスト件数が長いと、画面の端でうまく改行されず横に長いリストが表示されてしまう。


    別ページの引用

    他のページの内容をそのまま引用して表示する。

    ※分かりやすくするため、引用内容全体を引用枠で囲んでいます(<<< ... >>> コマンド)。

    <<<
    [[$$include PDB:1UOR]]
    >>>
    

    タンパク質名

    血清アルブミン前駆体

    生物種

    ヒト

    生物学的役割

    いろいろな分子は体の中の異なる部分の間で血液を通して輸送される必要がある。糖のような水溶性の分子は他の分子からの援助なしで血液を通して輸送される。 ところが不溶性の分子は、血液中を移動できるようににするための特別な運搬体によって運ばれる必要がある。そのような分子は脂肪酸、ステロイド、アミノ酸、金属そして各種の薬を含む。 血清アルブミンは血漿中にもっとも多いタンパク質であり、組織や体からの分泌物に存在する。それはいくつかの異なる種類の不溶性分子に結合することができる輸送タンパク質で、血液を通して体中にそれらを運ぶ。血清アルブミンによって輸送される最も重要な分子のいくつかは脂肪酸である。脂肪細胞によって放出された脂肪酸は、体内における多くの反応で必要とされる ATP を放出するために代謝がおこなわれる体内の他の細胞に運ばれる必要がある。脂肪酸は、その疎水性炭素鎖が周囲の水から遮断される深い凹部で血清アルブミンと結合する。血清アルブミンはまた、他の不溶性分子、とりわけ、体中を運ぶためにイブプロフェン、アスピリン、ジアゼパム、そして他のものとも結合する。ウシ血清アルブミンは、しばしば実験中に酵素を安定化させるために実験室で使用される。

    立体構造の特徴

    1uor1uor_x1uor_y

    ここに示された構造はヒトの血清アルブミンである。心臓の形をした分子は、ドメインI, IIそしてIIIとして知られるαへリックスの3つの似たドメインからなる。それぞれのドメインは、 AそしてBとして知られる普通の構造モチーフと2つのらせん状のサブドメインで順次、構成される。主要なリガンド結合部位はサブドメインIIAそしてIIIA中の疎水性空洞にある。

    タンパク質構造データバンク(PDB)

    参考文献

    原論文

    • He, X.M. Carter, D.C.; "Atomic structure and chemistry of human serum albumin."; Nature; (1992) 358:209-215 PubMed:1630489.

    その他

    著者: Ashwini Patil 訳者:野村 幸代


    English version:PDB:1UOR