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エントリーの追加・編集

eProtSの記事はすべてパブリックドメイン(Public Domain)になります。

eProtSにおける新規記事や画像の登録、既存ページの編集は全て編集可能版ページにて行う必要があります。

Username and Passwordページで、ユーザ名とパスワードを確認して編集可能版ページに入り、編集を行って下さい。

すでに登録されているエントリーを編集する。

eProtSの編集可能バージョンの該当ページで編集します。

  1. ユーザ名とパスワードが必要です。Username and Passwordを参照してください。
  2. まず該当するエントリーのページを開いて画面右上の[編集]リンクをクリックすると編集画面がでます。
  3. Wikiの文法はWiLiKiの編集をご覧ください。練習は 練習ページでどうぞ。
  4. タンパク質名と生物種名は1行に収まるよう書いて下さい。

新規登録の場合

  1. まず,自分が登録しようとしているPDBエントリーが未登録かどうか確認します。登録済みのエントリーはタンパク質リストにあります。画面左にある検索フォームにPDB IDを入力して検索し確認することもできます。もし登録済みのタンパク質の記述を改訂したい場合には通常のWikiの仕組みを使って編集してください。
  2. 日本語版の新規登録を行うにはこのページ を開いてください(Username and Password, 英語版の新規登録はこちらです)。 このページで
    ・PDB ID
    ・タンパク質名(protein name)
    ・生物種 (species)
    ・生物学的役割 (biological context)
    ・立体構造の特徴 (structure description)
    ・あなたの名前(your name)※本名でお願いします。
    ・ログメッセージ
    を入力して,submit ボタンを押します。
    現在、PDB IDを単位にしてエントリーを作成するようになっていますが、類似した別エントリーの蛋白質と比較するなど、1つのエントリーに限った記述でなくて結構です。
  3. しばらくすると,eProtS wikiのプレビューページが表示されますので,ページを確認して,コミットボタン(ページの下の方にあります)を押してください。 #これで新しいエントリーが作成されます。
  4. 最後に,編集可能バージョンで,Topics にある各分類項目の適切な場所に
    - [[$$protein-name 1ABC]]
    
    と追加してください。こちらもUsername and Passwordを参考にしてください。

説明のための図を追加したいとき

eProtSはデフォルトではタンパク質フォールドの絵だけが表示されます。より詳しくわかりやすい説明をしたい場合には以下の手順で画像をアップロードして,エントリーの説明に追加してください。

  1. まず画像を gif, jpeg, png などウェブプラウザで表示できる形式に変換してください。
  2. 次に このページ を開いて(Username and Password),画像ファイルに適切な名前を付けてアップロードしてください。このとき PDB IDは必須です。 同じIDでかつ同じ名前のファイルはアップロードできません。間違ったファイルをアップロードしてしまった時は別の名前でアップロードし直して下さい。拡張子をつけてファイル名を指定すると、拡張子が2重についてしまいますので拡張子はつけずにファイル名を指定して下さい。
  3. 例えば,"8abp"という PDBID で,"closeup" という名前を付けたJPEG画像は,wiki ページで,
    [[$$eprots-fig 8ABP/closeup.jpg alt=closeup width=200]]
    
    と書くことで,以下の様に表示されます。

johnny

追加説明図の作り方

追加する図を作成するのに、分子構造視覚化ソフトウェア jV が利用できます。

jV の使用方法の概略を以下に示します。詳細は jV のホームページに掲載されているマニュアルユーザーズガイド(pdf)、またはjVマニュアル日本語版PDBjのヘルプページをご覧下さい。

  1. jV を起動する。
  2. 分子座標情報を読み込む。メニューを使う場合は、[File]-[Open-Remote]-[PDB ID]、コマンドラインを使う場合は "load ftp pppp"(ppppはPDB ID)。読み込み直後はワイヤーフレームで分子が表示される。
  3. 分子の一部だけを表示したりする場合は、"wireframe off" コマンドでワイヤーフレーム表示されている部分を非表示にする。
  4. 部分的に表示方法を変える(例:リガンドだけをspacefill表示にする)場合、その表示を変えたい部分だけを選択する(例:select hetero & !water (水以外のリガンド類(ヘテロ分子)を選択)。その後、メニューの[Display]で表示方法を変更する。