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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5009 | |||||||||
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タイトル | A cryo-EM map of the FimD-tip complex, a bacterial surface pilus assembly intermediate in complex with the outer membrane secretion channel. | |||||||||
マップデータ | 3D Cryo-EM map of FimD-tip complex, a bacterial outer membrane pilus assembly intermediate | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-electron microscopy (低温電子顕微鏡法) / bacterial pilus / bacterial outer membrane secretion channel / pilus biogenesis | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tang C / Thanassi D / Li H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2008 タイトル: Fiber formation across the bacterial outer membrane by the chaperone/usher pathway. 著者: Han Remaut / Chunyan Tang / Nadine S Henderson / Jerome S Pinkner / Tao Wang / Scott J Hultgren / David G Thanassi / Gabriel Waksman / Huilin Li / 要旨: Gram-negative pathogens commonly exhibit adhesive pili on their surfaces that mediate specific attachment to the host. A major class of pili is assembled via the chaperone/usher pathway. Here, the ...Gram-negative pathogens commonly exhibit adhesive pili on their surfaces that mediate specific attachment to the host. A major class of pili is assembled via the chaperone/usher pathway. Here, the structural basis for pilus fiber assembly and secretion performed by the outer membrane assembly platform--the usher--is revealed by the crystal structure of the translocation domain of the P pilus usher PapC and single particle cryo-electron microscopy imaging of the FimD usher bound to a translocating type 1 pilus assembly intermediate. These structures provide molecular snapshots of a twinned-pore translocation machinery in action. Unexpectedly, only one pore is used for secretion, while both usher protomers are used for chaperone-subunit complex recruitment. The translocating pore itself comprises 24 beta strands and is occluded by a folded plug domain, likely gated by a conformationally constrained beta-hairpin. These structures capture the secretion of a virulence factor across the outer membrane of gram-negative bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5009.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5009-v30.xml emd-5009.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5009_1.tif | 750.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5009 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D Cryo-EM map of FimD-tip complex, a bacterial outer membrane pilus assembly intermediate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FimD-tip complex
全体 | 名称: FimD-tip complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: FimD-tip complex
超分子 | 名称: FimD-tip complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse 集合状態: FimD usher dimer in complex with one copy each of FimH, FimF, FimG pilins and FimC chaperone Number unique components: 5 |
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分子量 | 実験値: 260 KDa / 理論値: 260 KDa |
-超分子 #1: FimD-tip complex
超分子 | 名称: FimD-tip complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Pilus assembly usher / 詳細: This component forms a dimer in the complex / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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Ref GO | divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ... divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp kGO3A00154 73ampajax1 classpoptr giGO001547 3ispandiv |
Ref INTERPRO | divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ... divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp kIPR000015 ampajax1cl asspoptrgi IPR000015i spandiv |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 実験値: 96 KDa / 理論値: 96 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli B strain Tuner (Novagen) (大腸菌) 組換プラスミド: Tuner/pAN2 and pNH237 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8), 0.15 M NaCl, 0.05% DDM. |
グリッド | 詳細: glow-discharged lacey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 108 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. 12 degree Celsius chamber temperature 手法: 6 seconds blot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 100 K / 最高: 105 K / 平均: 103 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: correction at 250,000 mag / Legacy - Electron beam tilt params: -2 mrad |
日付 | 2007年2月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.3 / ビット/ピクセル: 14 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each films |
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最終 2次元分類 | クラス数: 100 |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER / 使用した粒子像数: 11000 |
詳細 | particles were manually selected |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. manual docking followed by local correlation based real space fitting in chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |