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万見
- PDB-3r2f: Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2f
タイトルCrystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) complex with BMS-693391 AKA (2S)-2-((3R)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-N-((1S,2R)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-((2R,4R)-4-propoxy-2-pyrrolidinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide
要素Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's Disease (アルツハイマー病) / aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / beta-secretase (Β-セクレターゼ) / memapsin 2 (Β-セクレターゼ1) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / 樹状突起 / neuronal cell body / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PB0 / Β-セクレターゼ1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Monosubstituted {gamma}-lactam and conformationally constrained 1,3-diaminopropan-2-ol transition-state isostere inhibitors of {beta}-secretase (BACE).
著者: Boy, K.M. / Guernon, J.M. / Shi, J. / Toyn, J.H. / Meredith, J.E. / Barten, D.M. / Burton, C.R. / Albright, C.F. / Marcinkeviciene, J. / Good, A.C. / Tebben, A.J. / Muckelbauer, J.K. / Camac, ...著者: Boy, K.M. / Guernon, J.M. / Shi, J. / Toyn, J.H. / Meredith, J.E. / Barten, D.M. / Burton, C.R. / Albright, C.F. / Marcinkeviciene, J. / Good, A.C. / Tebben, A.J. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / Lentz, K.A. / Bronson, J.J. / Olson, R.E. / Macor, J.E. / Thompson, L.A.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
D: Beta-secretase 1
E: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,5098
ポリマ－200,8824
非ポリマー2,6274
水2,198122
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8772
ポリマ－50,2201
非ポリマー6571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8772
ポリマ－50,2201
非ポリマー6571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8772
ポリマ－50,2201
非ポリマー6571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8772
ポリマ－50,2201
非ポリマー6571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.306, 130.255, 86.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
41E
12A
22B
32D
42E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A-5 - 385
2112B-5 - 385
3112D-5 - 385
4112E-5 - 385
1121A394
2121B394
3121C394
4121D394

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 50220.492 Da / 分子数: 4 / 断片: aspartyl protease domain (UNP residues 14-454) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物
ChemComp-PB0 / (2S)-2-[(3R)-3-(acetylamino)-3-(2-methylpropyl)-2-oxopyrrolidin-1-yl]-N-{(1R,2S)-3-(3,5-difluorophenyl)-1-hydroxy-1-[(2R,4R)-4-propoxypyrrolidin-2-yl]propan-2-yl}-4-phenylbutanamide


分子量: 656.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H50F2N4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 14% PEG8000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.529→86.387 Å / Num. obs: 62928 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3.1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.803 / 最高解像度: 2.53 Å / SU B: 14.88 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.811 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33002 3194 5.1 %RANDOM
Rwork0.28011 ---
obs0.28266 59696 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å2-0.25 Å2
2---2.54 Å20 Å2
3---4.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12136 0 188 122 12446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02212657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.96317226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73651540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54723.916572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.853151980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1571568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.25569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.28508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.510.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.430.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5771.57829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.992212396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10335537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7624.54830
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1544tight positional0.070.05
12B1544tight positional0.070.05
13D1544tight positional0.050.05
14E1544tight positional0.050.05
21A188tight positional00.05
22B188tight positional00.05
23D188tight positional00.05
24E188tight positional00.05
11A1490medium positional0.520.5
12B1490medium positional0.440.5
13D1490medium positional0.580.5
14E1490medium positional0.510.5
11A1544tight thermal0.040.5
12B1544tight thermal0.050.5
13D1544tight thermal0.050.5
14E1544tight thermal0.050.5
21A188tight thermal00.5
22B188tight thermal00.5
23D188tight thermal00.5
24E188tight thermal00.5
11A1490medium thermal0.332
12B1490medium thermal0.42
13D1490medium thermal0.392
14E1490medium thermal0.362
LS精密化 シェル最高解像度: 2.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 203 -
Rwork0.344 3860 -
obs--86.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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