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- PDB-2wwb: CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwb
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME
要素
  • (25S RRNA) x 3
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 8
  • (PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ...Protein targeting) x 3
  • 5.8S RRNA5.8SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / PROTEIN EXIT TUNNEL / COTRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION / PROTEIN CONDUCTING CHANNEL / SIGNAL SEQUENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein transmembrane transporter activity / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / phospholipid binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / RNA binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L35 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL4B ...リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL4B / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ)
TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.48 Å
データ登録者Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. ...Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. / Schulten, K. / Westhof, E. / Gilmore, R. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Science / : 2009
タイトル: Structure of monomeric yeast and mammalian Sec61 complexes interacting with the translating ribosome.
著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric ...著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric Westhof / Reid Gilmore / Elisabet C Mandon / Roland Beckmann /
要旨: The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may ...The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may serve as an active PCC. We determined subnanometer-resolution cryo-electron microscopy structures of eukaryotic ribosome-Sec61 complexes. In combination with biochemical data, we found that in both idle and active states, the Sec complex is not oligomeric and interacts mainly via two cytoplasmic loops with the universal ribosomal adaptor site. In the active state, the ribosomal tunnel and a central pore of the monomeric PCC were occupied by the nascent chain, contacting loop 6 of the Sec complex. This provides a structural basis for the activity of a solitary Sec complex in cotranslational protein translocation.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22017年4月19日Group: Other
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1652
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1652
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1
B: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA
C: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA
D: 5.8S RRNA
E: 25S RRNA
F: 25S RRNA
G: 25S RRNA
H: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B
I: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A
J: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
K: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25
L: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A
M: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A
N: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
O: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,75715
ポリマ-258,75715
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1 / Protein targeting / SEC61ALPHA / SEC61 ALPHA-1


分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P38377
#2: タンパク質 PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA / Protein targeting / SEC61GAMMA


分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60058
#3: タンパク質 PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA / Protein targeting / SEC61BETA


分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60467

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RNA鎖 , 4種, 4分子 DEFG

#4: RNA鎖 5.8S RRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 20302.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
#5: RNA鎖 25S RRNA


分子量: 11089.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
#6: RNA鎖 25S RRNA


分子量: 8052.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
#7: RNA鎖 25S RRNA


分子量: 4477.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM ORYZA SATIVA / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ)

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60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 8種, 8分子 HIJKLMNO

#8: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B / リボソーム / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / L2 / YL2 / RP2


分子量: 39129.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P49626*PLUS
#9: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A / リボソーム / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P05740*PLUS
#10: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / / L23 / YL14 / RP15L / RP33


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
#11: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / / YL25 / RP16L / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P04456*PLUS
#12: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A / リボソーム / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26 / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P05743*PLUS
#13: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A / リボソーム / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P0C2H8*PLUS
#14: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 /


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P0CX84*PLUS
#15: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P04650*PLUS

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詳細

配列の詳細SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAINS D, E, AND F WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE ...SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAINS D, E, AND F WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE GB U53879. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN G WERE PROVIDED AS ORYZA SATIVA WITH NO EXTERNAL DATABASE REFERENCE PROVIDED. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN H WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P49626. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN I WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05740. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN J WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05735. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN K WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P04456. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN L WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05743. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN M WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P0C2H8. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN N WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P39741. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN O WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P04650.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM (O. SATIVA) 80S RIBOSOME PROGRAMMED WITH A NASCENT POLYPEPTIDE CHAIN CONTAINING A P- SITE TRNA AND THE TYPE I SIGNAL ANCHOR SEQUENCE OF DPAP-B ( ...名称: ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM (O. SATIVA) 80S RIBOSOME PROGRAMMED WITH A NASCENT POLYPEPTIDE CHAIN CONTAINING A P- SITE TRNA AND THE TYPE I SIGNAL ANCHOR SEQUENCE OF DPAP-B ( DIPEPTIDYLAMINOPEPTIDASE B) BOUND TO THE MAMMALIAN (CANIS FAMILIARIS) SEC61 COMPLEX.
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN
pH: 7.5
詳細: 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: OTHER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
詳細: CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 38000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ温度: 84 K / 傾斜角・最大: 0 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 155
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUP VOLUMES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 6.48 Å / 粒子像の数: 221445 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2375 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2375 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1652.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 詳細: METHOD--MANUAL FOLLOWED BY MDFF
精密化最高解像度: 6.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11394 2919 0 0 14313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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