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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wwb | |||||||||
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タイトル | CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / PROTEIN EXIT TUNNEL / COTRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION / PROTEIN CONDUCTING CHANNEL / SIGNAL SEQUENCE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein transmembrane transporter activity / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / phospholipid binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / RNA binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. ...Becker, T. / Mandon, E. / Bhushan, S. / Jarasch, A. / Armache, J.P. / Funes, S. / Jossinet, F. / Gumbart, J. / Mielke, T. / Berninghausen, O. / Schulten, K. / Westhof, E. / Gilmore, R. / Beckmann, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Structure of monomeric yeast and mammalian Sec61 complexes interacting with the translating ribosome. 著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric ...著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric Westhof / Reid Gilmore / Elisabet C Mandon / Roland Beckmann / 要旨: The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may ...The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may serve as an active PCC. We determined subnanometer-resolution cryo-electron microscopy structures of eukaryotic ribosome-Sec61 complexes. In combination with biochemical data, we found that in both idle and active states, the Sec complex is not oligomeric and interacts mainly via two cytoplasmic loops with the universal ribosomal adaptor site. In the active state, the ribosomal tunnel and a central pore of the monomeric PCC were occupied by the nascent chain, contacting loop 6 of the Sec complex. This provides a structural basis for the activity of a solitary Sec complex in cotranslational protein translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 2wwb.cif.gz | 337.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wwb.ent.gz | 258.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P38377 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60058 |
#3: タンパク質 | 分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60467 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 DEFG
#4: RNA鎖 | 分子量: 20302.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 11089.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) |
#6: RNA鎖 | 分子量: 8052.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 4477.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM ORYZA SATIVA / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) |
-60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 8種, 8分子 HIJKLMNO
#8: タンパク質 | 分子量: 39129.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P49626*PLUS |
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#9: タンパク質 | 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P05740*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) |
#11: タンパク質 | 分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P04456*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P05743*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P0C2H8*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P0CX84*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATE SOURCE ORIGINALLY FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P04650*PLUS |
-詳細
配列の詳細 | SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAINS D, E, AND F WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE ...SOURCE ORGANISM FOR COORDINATE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM (O. SATIVA) 80S RIBOSOME PROGRAMMED WITH A NASCENT POLYPEPTIDE CHAIN CONTAINING A P- SITE TRNA AND THE TYPE I SIGNAL ANCHOR SEQUENCE OF DPAP-B ( ...名称: ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM (O. SATIVA) 80S RIBOSOME PROGRAMMED WITH A NASCENT POLYPEPTIDE CHAIN CONTAINING A P- SITE TRNA AND THE TYPE I SIGNAL ANCHOR SEQUENCE OF DPAP-B ( DIPEPTIDYLAMINOPEPTIDASE B) BOUND TO THE MAMMALIAN (CANIS FAMILIARIS) SEC61 COMPLEX. タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN pH: 7.5 詳細: 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN |
試料 | 濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: OTHER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 38000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 温度: 84 K / 傾斜角・最大: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 155 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUP VOLUMES | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 6.48 Å / 粒子像の数: 221445 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2375 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2375 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1652. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 詳細: METHOD--MANUAL FOLLOWED BY MDFF | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6.48 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6.48 Å
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