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万見
- PDB-2m0h: SP-B C-terminal (residues 59-80) peptide in methanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m0h
タイトルSP-B C-terminal (residues 59-80) peptide in methanol
要素Pulmonary surfactant-associated protein B
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Pulmonary Surfactant-Associated Protein B / Peptide Fragments / Micelles (ミセル) / Dodecylphosphocholine
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective pro-SFTPB causes SMDP1 and RDS / multivesicular body lumen / lamellar body / alveolar lamellar body / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / sphingolipid metabolic process / Surfactant metabolism ...Defective pro-SFTPB causes SMDP1 and RDS / multivesicular body lumen / lamellar body / alveolar lamellar body / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / sphingolipid metabolic process / Surfactant metabolism / エンドソーム / animal organ morphogenesis / リソソーム / endoplasmic reticulum membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains ...Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pulmonary surfactant-associated protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kuznetsova, A. / Long, J.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structures of the C-terminal segment of surfactant protein B (residues 59-80) in DPC detergent micelles and methanol.
著者: Kuznetsova, A. / Vanni, J. / Long, J.R.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5361
ポリマ－2,5361
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / 18 kDa pulmonary-surfactant protein / 6 kDa protein / Pulmonary surfactant-associated ...SP-B / 18 kDa pulmonary-surfactant protein / 6 kDa protein / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe)


分子量: 2536.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07988

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM protein, 20 mM TCEP, methanol / 溶媒系: methanol
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.2 mMentity-11
20 mMTCEP-21
試料状態イオン強度: 20 / pH: 4.0 / 圧: ambient / Temperature units: K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: INITIAL STRUCTURE CALCULATION WAS CARRIED OUT USING DEFAULT SCRIPT ANNEAL_NORDC.PY AND TEMPERATURE SCHEDULE 3500-TO-25 IN STEPS OF 12.5. REFINEMENT WAS PERFORMED FOR 3000 STRUCTURES USING ...詳細: INITIAL STRUCTURE CALCULATION WAS CARRIED OUT USING DEFAULT SCRIPT ANNEAL_NORDC.PY AND TEMPERATURE SCHEDULE 3500-TO-25 IN STEPS OF 12.5. REFINEMENT WAS PERFORMED FOR 3000 STRUCTURES USING DEFAULT SCRIPT REFINE_NORDC.PY WITH TEMPERATURE SCHEDULES 1500-TO-25 IN STEPS OF 3.25 AND 500-TO-25 IN STEPS OF 2.25. FOR STRONGER J-COUPLING CONSTRAINTS ANNEALING DURING REFINEMENT ITS SCALING FACTOR IS RAMPED FROM 1 TO 3 DURING COOLING: JCOUP = CREATE_JCOUPPOT("JCOUP","JNA_COUP_SPBC_IN_METHANOL9.TBL", A=6.98,B=-1.38,C=1.72,PHASE=-60.0) RAMPEDPARAMS.APPEND( MULTRAMP(1,3, "JCOUP.SETSCALE( VALUE )") )
NMR constraintsNOE constraints total: 459 / NOE intraresidue total count: 217 / NOE long range total count: 4 / NOE medium range total count: 88 / NOE sequential total count: 96
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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