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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1311 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in a stalled ribosome. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with tmRNA, two small protein B, and EF-Tu in the presence of S1 in solution. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | TmRNA / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / RNA binding / 細胞質基質 / SsrA-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaur S / Gillet R / Li W / Gursky R / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2006 タイトル: Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in a stalled ribosome. 著者: Sukhjit Kaur / Reynald Gillet / Wen Li / Richard Gursky / Joachim Frank / 要旨: In eubacterial translation, lack of a stop codon on the mRNA results in a defective, potentially toxic polypeptide stalled on the ribosome. Bacteria possess a specialized mRNA, called transfer ...In eubacterial translation, lack of a stop codon on the mRNA results in a defective, potentially toxic polypeptide stalled on the ribosome. Bacteria possess a specialized mRNA, called transfer messenger RNA (tmRNA), to rescue such a stalled system. tmRNA contains a transfer RNA (tRNA)-like domain (TLD), which enters the ribosome as a tRNA and places an ORF into the mRNA channel. This ORF codes for a signal marking the polypeptide for degradation and ends in a stop codon, leading to release of the faulty polypeptide and recycling of the ribosome. The binding of tmRNA to the stalled ribosome is mediated by small protein B (SmpB). By means of cryo-EM, we obtained a density map for the preaccommodated state of the tmRNA.SmpB.EF-Tu.70S ribosome complex with much improved definition for the tmRNA-SmpB complex, showing two SmpB molecules bound per ribosome, one toward the A site on the 30S subunit side and the other bound to the 50S subunit near the GTPase-associated center. tmRNA is strongly attached to the 30S subunit head by multiple contact sites, involving most of its pseudoknots and helices. The map clarifies that the TLD is located near helix 34 and protein S19 of the 30S subunit, rather than in the A site as tRNA for normal translation, so that the TLD is oriented toward the ORF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1311.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1311-v30.xml emd-1311.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1311.gif | 36.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1311 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1311 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ob7M M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with tmRNA, two small protein B, and EF-Tu in the presence of S1 in solution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thermus thermophilus 70S ribosome
全体 | 名称: Thermus thermophilus 70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Thermus thermophilus 70S ribosome
超分子 | 名称: Thermus thermophilus 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5 |
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分子量 | 理論値: 2.4 MDa |
-超分子 #1: 70S Ribosome
超分子 | 名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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分子量 | 実験値: 2.3 MDa |
-分子 #1: small protein B
分子 | 名称: small protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
分子量 | 実験値: 19 KDa |
-分子 #4: EF-Tu
分子 | 名称: EF-Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-分子 #2: tmRNA
分子 | 名称: tmRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-分子 #3: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 別称: tRNA |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: see Methods |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining (Cryo-EM) |
グリッド | 詳細: Quanti-foil grids coated with a thin carbon layer |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: Blot for 5 seconds before plunging Rapid plunge freezing in liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.635 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.475 µm / 倍率(公称値): 5000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2004年8月13日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 27 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correctionn of 3D map |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER package / 使用した粒子像数: 52829 |
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: O |
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詳細 | Protocol: Rigid Body. manual fitting with O |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-2ob7: |