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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1285 | |||||||||
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タイトル | Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA. | |||||||||
マップデータ | Complex between the yeast 80S ribosome and the cricket paralysis virus IRES | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...: / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuler M / Connell SR / Lescoute A / Giesebrecht J / Dabrowski M / Schroeer B / Mielke T / Penczek PA / Westhof E / Spahn CM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2006 タイトル: Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA. 著者: Martin Schüler / Sean R Connell / Aurelie Lescoute / Jan Giesebrecht / Marylena Dabrowski / Birgit Schroeer / Thorsten Mielke / Pawel A Penczek / Eric Westhof / Christian M T Spahn / 要旨: Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ...Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ribosomal complexes in the absence of canonical initiation factors and initiator transfer RNA. We present here a cryo-EM reconstruction of a dicistroviral IRES bound to the 80S ribosome. The resolution of the cryo-EM reconstruction, in the subnanometer range, allowed the molecular structure of the complete IRES in its active, ribosome-bound state to be solved. The structure, harboring three pseudoknot-containing domains, each with a specific functional role, shows how defined elements of the IRES emerge from a compactly folded core and interact with the key ribosomal components that form the A, P and E sites, where tRNAs normally bind. Our results exemplify the molecular strategy for recruitment of an IRES and reveal the dynamic features necessary for internal initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1285.map.gz | 95.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1285-v30.xml emd-1285.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1285.gif | 33.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1285 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1285 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Complex between the yeast 80S ribosome and the cricket paralysis virus IRES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
全体 | 名称: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNAEukaryotic ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA
超分子 | 名称: yeast 80S ribosome in complex with the CrPV IRES RNA タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: yeast 80S ribosome
超分子 | 名称: yeast 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
-分子 #1: CrPV IRES
分子 | 名称: CrPV IRES / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.7 µm / 実像数: 341 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus groups |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 73313 |