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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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Euryarchaeota

ウィキペディア - ユーリ古細菌: ユーリ古細菌（ユーリこさいきん、ユリアーキオータ、Euryarchaeota）は、メタン生成菌や高度好塩菌を中心とした古細菌の系統である。この他にも超好熱菌や好熱好酸菌、硫酸還元菌、嫌気的メタン酸化菌など多様な生物がおり、既知の古細菌種の8割以上が含まれる...

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系統検索の結果

検索語「Euryarchaeota」の検索結果、165件中、1から20件目までを表示しています

名称EMDBPDBSASBDB
Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)84110
Archaeoglobus veneficus (古細菌)110
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (アルカエオグロブス属)14750
Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)140
Archaeoglobus veneficus SNP6 (アルカエオグロブス属)010
Geoglobus acetivorans (ゲオグロブス属)030
Candidatus Methanoliparum (古細菌)010
candidate division MSBL1 archaeon SCGC-AAA259E19 (古細菌)030
candidate division MSBL1 archaeon SCGC-AAA259I09 (古細菌)010
Methanothermobacter (古細菌)020
Methanobrevibacter ruminantium (メタノブレウィバクテル属)020
Methanobrevibacter smithii (古細菌)020
Methanobrevibacter ruminantium M1 (メタノブレウィバクテル属)030
Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 (古細菌)020
Methanobrevibacter smithii DSM 2375 (古細菌)010
Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)192410
Methanothermobacter marburgensis (古細菌)4220
Methanothermobacter wolfeii (古細菌)050
Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)190
Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)2740

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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