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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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キーワード検索の結果

検索 (キーワード: Delftia acidovorans)の結果全2件を表示しています

名称EMDBPDBSASBDB
Delftia acidovorans (バクテリア)0110
Delftia acidovorans SPH-1 (バクテリア)000

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生物種情報

名称Delftia acidovorans
和名 *1コマモナス・アシドボランス, デルフチア・アシドボランス
名称 *2Delftia acidovorans
その他の名称 *2別称: Comamonas acidivorans / Comamonas acidovorans ...Comamonas acidivorans / Comamonas acidovorans / Pseudomonas acidovorans / Pseudomonas desmolytica / Pseudomonas indoloxidans / includes: Comamonas sp. MC1 / Pseudomonas sp. NCIM 2112 / その他: ACM 489 / ATCC 15668 ...ACM 489 / ATCC 15668 / CCUG 12692 / CCUG 14481 / CFBP 2444 / CIP 103021 / Comamonas acidovorans (den Dooren de Jong 1926) Tamaoka et al. 1987 emend. Willems et al. 1991 / Delftia acidovorans (den Dooren de Jong 1926) Wen et al. 1999 / DSM 39 / IAM 12409 / IFO 14950 / JCM 5833 / JCM 6203 / LMG 1226 / LMG:1226 / LMG 6031 / LMG:6031 / NBRC 14950 / NCCB 26037 / NCIB 9681 / NCIB:9681 / NCIMB 9681 / NCTC 10683 / Pseudomonas acidovorans den Dooren de Jong 1926 (Approved Lists 1980) / "Pseudomonas desmolytica" Gray and Thornton 1928 / "Pseudomonas indoloxidans" Gray 1928 / strain 2167 / strain den Dooren de Jong 7 / strain KS 0057 / strain Stanier 14
構造データでの名称Comamonas acidovorans
NCBI Taxonomy ID80866
系統 *2細胞生物 > バクテリア > Pseudomonadota > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Comamonadaceae > Delftia
コメントバクテリア
出典*1: DBCLSメタ用語集-翻訳用テーブル-学名と和名の対応 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
*2: NCBI Taxonomy

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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