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- EMDB-8299: AMC011 HIV-1 Env SOSIP trimer in complex with autologous anti-HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8299
タイトルAMC011 HIV-1 Env SOSIP trimer in complex with autologous anti-HIV antibody ACS202
マップデータAMC011 HIV-1 Env SOSIP trimer in complex with anti-HIV antibody ACS202
試料
  • 複合体: AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV antibody ACS202 fragment antigen binding
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Ward AB
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: An HIV-1 antibody from an elite neutralizer implicates the fusion peptide as a site of vulnerability.
著者: Marit J van Gils / Tom L G M van den Kerkhof / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Devin Sok / Matthias Pauthner / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Anila Yasmeen / Steven W de ...著者: Marit J van Gils / Tom L G M van den Kerkhof / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Devin Sok / Matthias Pauthner / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Anila Yasmeen / Steven W de Taeye / Anna Schorcht / Stephanie Gumbs / Inez Johanna / Karen Saye-Francisco / Chi-Hui Liang / Elise Landais / Xiaoyan Nie / Laura K Pritchard / Max Crispin / Garnett Kelsoe / Ian A Wilson / Hanneke Schuitemaker / Per Johan Klasse / John P Moore / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: The induction by vaccination of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) capable of neutralizing various HIV-1 viral strains is challenging, but understanding how a subset of HIV-infected individuals ...The induction by vaccination of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) capable of neutralizing various HIV-1 viral strains is challenging, but understanding how a subset of HIV-infected individuals develops bNAbs may guide immunization strategies. Here, we describe the isolation and characterization of the bNAb ACS202 from an elite neutralizer that recognizes a new, trimer-specific and cleavage-dependent epitope at the gp120-gp41 interface of the envelope glycoprotein (Env), involving the glycan N88 and the gp41 fusion peptide. In addition, an Env trimer, AMC011 SOSIP.v4.2, based on early virus isolates from the same elite neutralizer, was constructed, and its structure by cryo-electron microscopy at 6.2 Å resolution reveals a closed, pre-fusion conformation similar to that of the BG505 SOSIP.664 trimer. The availability of a native-like Env trimer and a bNAb from the same elite neutralizer provides the opportunity to design vaccination strategies aimed at generating similar bNAbs against a key functional site on HIV-1.
履歴
登録2016年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月21日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8299.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC011 HIV-1 Env SOSIP trimer in complex with anti-HIV antibody ACS202
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.029346144 - 0.30702263
平均 (標準偏差)0.0022693234 (±0.031627107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0290.3070.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV ...

全体名称: AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV antibody ACS202 fragment antigen binding
要素
  • 複合体: AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV antibody ACS202 fragment antigen binding

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超分子 #1: AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV ...

超分子名称: AMC011 HIV-1 Env trimer in complex with three copies of anti-HIV antibody ACS202 fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: AMC011
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4
分子量理論値: 570 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Tris-buffered saline
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Negatively stained with 2% w/v uranyl formate for 60 seconds.
グリッドモデル: EMS Cu400 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細The two components of the complex were incubated overnight at room temperature (molar excess of Fab) and diluted prior to grid preparation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
詳細: Stage tilt of -50, -40, -30, -20, -10, 0 degrees to increase orientation sampling
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: Simulated electron density map from PDB coordinates, low pass-filtered to 60 Angstrom resolution
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 11913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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