[日本語] English
万見
- EMDB-8269: HIV NFL trimer WT in complex with bnAb VRC01 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8269
タイトルHIV NFL trimer WT in complex with bnAb VRC01
マップデータBG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb
試料
  • 複合体: BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ward AB / de Val N
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2016
タイトル: Thermostability of Well-Ordered HIV Spikes Correlates with the Elicitation of Autologous Tier 2 Neutralizing Antibodies.
著者: Yu Feng / Karen Tran / Shridhar Bale / Shailendra Kumar / Javier Guenaga / Richard Wilson / Natalia de Val / Heather Arendt / Joanne DeStefano / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
要旨: In the context of HIV vaccine design and development, HIV-1 spike mimetics displaying a range of stabilities were evaluated to determine whether more stable, well-ordered trimers would more ...In the context of HIV vaccine design and development, HIV-1 spike mimetics displaying a range of stabilities were evaluated to determine whether more stable, well-ordered trimers would more efficiently elicit neutralizing antibodies. To begin, in vitro analysis of trimers derived from the cysteine-stabilized SOSIP platform or the uncleaved, covalently linked NFL platform were evaluated. These native-like trimers, derived from HIV subtypes A, B, and C, displayed a range of thermostabilities, and were "stress-tested" at varying temperatures as a prelude to in vivo immunogenicity. Analysis was performed both in the absence and in the presence of two different adjuvants. Since partial trimer degradation was detected at 37°C before or after formulation with adjuvant, we sought to remedy such an undesirable outcome. Cross-linking (fixing) of the well-ordered trimers with glutaraldehyde increased overall thermostability, maintenance of well-ordered trimer integrity without or with adjuvant, and increased resistance to solid phase-associated trimer unfolding. Immunization of unfixed and fixed well-ordered trimers into animals revealed that the elicited tier 2 autologous neutralizing activity correlated with overall trimer thermostability, or melting temperature (Tm). Glutaraldehyde fixation also led to higher tier 2 autologous neutralization titers. These results link retention of trimer quaternary packing with elicitation of tier 2 autologous neutralizing activity, providing important insights for HIV-1 vaccine design.
履歴
登録2016年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2018年4月11日-
現状2018年4月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 21.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 21.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8269.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 21.100000000000001 / ムービー #1: 21.1
最小 - 最大-50.208644999999997 - 129.250049999999987
平均 (標準偏差)1.2130173 (±9.897651)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-50.209129.2501.213

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb

全体名称: BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb
要素
  • 複合体: BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb

-
超分子 #1: BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb

超分子名称: BG505_NFL_WT_trimer in complex with VRC01 bnAb / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: BG505_NFL_WT heterotrimeric sample in complex with 3 bnAb VRC01
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F / 組換プラスミド: pPPI4
分子量理論値: 570 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMC4H12ClNO3Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Sample was stained using two applications of 3 uL 2% UF.
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: The grids were glow-discharged at 20 mA.
詳細The trimer was incubated at RT with a 10 M excess of the broadly neutralizing antibody VRC01. The complex was purified by SEC.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 60 / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 60000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 50 / ソフトウェア - 名称: MRA/MSA
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 100 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 17231

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る