[日本語] English
万見
- EMDB-8122: The Architecture of the Cytoplasmic Region of Type III Secretion ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8122
タイトルThe Architecture of the Cytoplasmic Region of Type III Secretion SystemsType three secretion system
マップデータNone
試料
  • 複合体: The needle complex of Salmonella typhimurium
    • 複合体: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Makino F / Blocker A
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The Architecture of the Cytoplasmic Region of Type III Secretion Systems.
著者: Fumiaki Makino / Dakang Shen / Naoko Kajimura / Akihiro Kawamoto / Panayiota Pissaridou / Henry Oswin / Maria Pain / Isabel Murillo / Keiichi Namba / Ariel J Blocker /
要旨: Type III secretion systems (T3SSs) are essential devices in the virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. They mediate injection of protein effectors of virulence from bacteria into ...Type III secretion systems (T3SSs) are essential devices in the virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. They mediate injection of protein effectors of virulence from bacteria into eukaryotic host cells to manipulate them during infection. T3SSs involved in virulence (vT3SSs) are evolutionarily related to bacterial flagellar protein export apparatuses (fT3SSs), which are essential for flagellar assembly and cell motility. The structure of the external and transmembrane parts of both fT3SS and vT3SS is increasingly well-defined. However, the arrangement of their cytoplasmic and inner membrane export apparatuses is much less clear. Here we compare the architecture of the cytoplasmic regions of the vT3SSs of Shigella flexneri and the vT3SS and fT3SS of Salmonella enterica serovar Typhimurium at ~5 and ~4 nm resolution using electron cryotomography and subtomogram averaging. We show that the cytoplasmic regions of vT3SSs display conserved six-fold symmetric features including pods, linkers and an ATPase complex, while fT3SSs probably only display six-fold symmetry in their ATPase region. We also identify other morphological differences between vT3SSs and fT3SSs, such as relative disposition of their inner membrane-attached export platform, C-ring/pods and ATPase complex. Finally, using classification, we find that both types of apparatuses can loose elements of their cytoplasmic region, which may therefore be dynamic.
履歴
登録2016年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月10日-
マップ公開2016年10月12日-
更新2016年12月7日-
現状2016年12月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8122.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-2.6658666 - 10.413199000000001
平均 (標準偏差)0.18483864 (±1.)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 1459.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.411.411.4
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1459.2001459.2001459.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ129141209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-2.66610.4130.185

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : The needle complex of Salmonella typhimurium

全体名称: The needle complex of Salmonella typhimurium
要素
  • 複合体: The needle complex of Salmonella typhimurium
    • 複合体: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

-
超分子 #1: The needle complex of Salmonella typhimurium

超分子名称: The needle complex of Salmonella typhimurium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The needle complex from Salmonella typhimurium mini-cell in situ
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
組換株: WT for minicells / 組換プラスミド: pBAD24 Salmonella ftsZ

-
超分子 #2: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

超分子名称: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1.0 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49030 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

抽出トモグラム数: 213 / 使用した粒子像数: 347 / 手法: manual / ソフトウェア - 名称: IMOD
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 222

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る