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万見
- EMDB-6337: Structure of the L-protein of vesicular stomatitis virus from ele... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6337
タイトルStructure of the L-protein of vesicular stomatitis virus from electron cryomicroscopy
マップデータReconstruction of the L-protein of vesicular stomatitis virus
試料
  • 試料: VSV-L
  • タンパク質・ペプチド: VSV large protein
  • タンパク質・ペプチド: VSV phosphoprotein
キーワードRNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA capping (5'キャップ) / cryoEM single-particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V ...: / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liang B / Li Z / Jenni S / Rameh AA / Morin BM / Grant T / Grigorieff N / Harrison SC / Whelan SPJ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of the L Protein of Vesicular Stomatitis Virus from Electron Cryomicroscopy.
著者: Bo Liang / Zongli Li / Simon Jenni / Amal A Rahmeh / Benjamin M Morin / Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / Sean P J Whelan /
要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as template, a non-canonical sequence of capping and methylation reactions, and polyadenylation of viral messages. We have determined by electron cryomicroscopy the structure of the vesicular stomatitis virus (VSV) L protein. The density map, at a resolution of 3.8 Å, has led to an atomic model for nearly all of the 2109-residue polypeptide chain, which comprises three enzymatic domains (RNA-dependent RNA polymerase [RdRp], polyribonucleotidyl transferase [PRNTase], and methyltransferase) and two structural domains. The RdRp resembles the corresponding enzymatic regions of dsRNA virus polymerases and influenza virus polymerase. A loop from the PRNTase (capping) domain projects into the catalytic site of the RdRp, where it appears to have the role of a priming loop and to couple product elongation to large-scale conformational changes in L.
履歴
登録2015年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月20日-
マップ公開2015年5月20日-
更新2015年8月19日-
現状2015年8月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a22
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6337.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the L-protein of vesicular stomatitis virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.237 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-2.92821145 - 5.04094791
平均 (標準偏差)0.05180021 (±0.38479805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 148.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2371.2371.237
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z148.440148.440148.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.9285.0410.052

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VSV-L

全体名称: VSV-L
要素
  • 試料: VSV-L
  • タンパク質・ペプチド: VSV large protein
  • タンパク質・ペプチド: VSV phosphoprotein

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超分子 #1000: VSV-L

超分子名称: VSV-L / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One monomer of VSV-L bound to one monomer of P
Number unique components: 2
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: VSV large protein

分子名称: VSV large protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VSV-L / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
分子量理論値: 240 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf21

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分子 #2: VSV phosphoprotein

分子名称: VSV phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: P / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: BL21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, 250 mM NaCl, 6 mM MgSO4, 0.5 mM TCEP
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil R1.2/1.3 Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I
手法: Blot time 2 seconds, drain time 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
詳細Beam intensity: 8 electrons/pixel/s Movie mode: 30 frames, 5 frames/s
日付2014年8月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 1272 / 平均電子線量: 31 e/Å2
詳細: Images are the sums of all 30 aligned movie frames (high dose) or frames 3 - 12 (low-dose).
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 2次元分類クラス数: 3
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC, Frealign
詳細: The final map represents the best class out of three classes.
使用した粒子像数: 74940
詳細An initial map was obtained with EMAN2, IMAGIC, and TIGRIS. CTF was determined using CTFFIND3. Refinement and classification were done using Frealign.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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