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- EMDB-6255: Negative stain reconstruction of the Pex1/Pex6 complex in presenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6255
タイトルNegative stain reconstruction of the Pex1/Pex6 complex in presence of ATP
マップデータNegative stain reconstruction of the Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP
試料
  • 試料: Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase PEX1
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase PEX6
キーワードPeroxisome (ペルオキシソーム) / AAA+ ATPase / Pex1 / Pex6
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity => GO:0016887 / : / protein targeting to peroxisome / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein binding / peroxisome organization / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex ...ATP hydrolysis activity => GO:0016887 / : / protein targeting to peroxisome / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein binding / peroxisome organization / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex / protein unfolding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ペルオキシソーム / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site ...Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal ATPase PEX1 / Peroxisomal ATPase PEX6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.4 Å
データ登録者Gardner BM / Chowdhury S / Lander GC / Martin A
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2015
タイトル: The Pex1/Pex6 complex is a heterohexameric AAA+ motor with alternating and highly coordinated subunits.
著者: Brooke M Gardner / Saikat Chowdhury / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: Pex1 and Pex6 are Type-2 AAA+ ATPases required for the de novo biogenesis of peroxisomes. Mutations in Pex1 and Pex6 account for the majority of the most severe forms of peroxisome biogenesis ...Pex1 and Pex6 are Type-2 AAA+ ATPases required for the de novo biogenesis of peroxisomes. Mutations in Pex1 and Pex6 account for the majority of the most severe forms of peroxisome biogenesis disorders in humans. Here, we show that the ATP-dependent complex of Pex1 and Pex6 from Saccharomyces cerevisiae is a heterohexamer with alternating subunits. Within the Pex1/Pex6 complex, only the D2 ATPase ring hydrolyzes ATP, while nucleotide binding in the D1 ring promotes complex assembly. ATP hydrolysis by Pex1 is highly coordinated with that of Pex6. Furthermore, Pex15, the membrane anchor required for Pex1/Pex6 recruitment to peroxisomes, inhibits the ATP-hydrolysis activity of Pex1/Pex6.
履歴
登録2015年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月18日-
マップ公開2015年2月18日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.56
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.56
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6255.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain reconstruction of the Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.56 / ムービー #1: 1.56
最小 - 最大-7.98085403 - 8.27610874
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-7.9818.276-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP

全体名称: Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP
要素
  • 試料: Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase PEX1
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase PEX6

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超分子 #1000: Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP

超分子名称: Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 22 nM Pex1/Pex6 complex in presence of 3 mM ATP was used for negative stain electron microscopy. The sample was monodisperse.
集合状態: Heterohexamer containing three copies of Pex1 and three copies of Pex6
Number unique components: 2
分子量理論値: 707.076 KDa

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分子 #1: Peroxisomal ATPase PEX1

分子名称: Peroxisomal ATPase PEX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: Peroxin-1, Peroxisomal assembly protein 1, Peroxisome biogenesis protein PAS1
コピー数: 3 / 集合状態: Heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: peroxisome, cytosol / 細胞中の位置: peroxisome membrane
分子量実験値: 117 KDa / 理論値: 117 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pCOLA-DUET
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX1
GO: nucleotide binding, protein binding, ATP binding, 細胞質, ペルオキシソーム, peroxisomal membrane, protein targeting to peroxisome, peroxisome organization, 生体膜, protein import ...GO: nucleotide binding, protein binding, ATP binding, 細胞質, ペルオキシソーム, peroxisomal membrane, protein targeting to peroxisome, peroxisome organization, 生体膜, protein import into peroxisome matrix, receptor recycling, ATP hydrolysis activity, ATP hydrolysis activity => GO:0016887, protein heterodimerization activity
InterPro: AAA+ ATPase domain, ATPase, AAA-type, core, ATPase, AAA-type, conserved site, CDC48 domain 2-like superfamily, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, Peroxisome biogenesis ...InterPro: AAA+ ATPase domain, ATPase, AAA-type, core, ATPase, AAA-type, conserved site, CDC48 domain 2-like superfamily, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold, Peroxisome biogenesis factor 1

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分子 #2: Peroxisomal ATPase PEX6

分子名称: Peroxisomal ATPase PEX6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
Name.synonym: Peroxin-6 Peroxisomal assembly protein 8, Peroxisome biosynthesis protein PAS8
コピー数: 3 / 集合状態: Heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: peroxisome, cytosol / 細胞中の位置: peroxisome membrane
分子量実験値: 115 KDa / 理論値: 115 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET-DUET
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX6
GO: nucleotide binding, GO: 0001302, protein binding, ATP binding, 細胞質, ペルオキシソーム, peroxisomal membrane, 細胞質基質, peroxisome organization, 生体膜, protein import into ...GO: nucleotide binding, GO: 0001302, protein binding, ATP binding, 細胞質, ペルオキシソーム, peroxisomal membrane, 細胞質基質, peroxisome organization, 生体膜, protein import into peroxisome matrix, receptor recycling, ATP hydrolysis activity, protein heterodimerization activity
InterPro: AAA+ ATPase domain, ATPase, AAA-type, core, ATPase, AAA-type, conserved site, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.016 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 60 mM HEPES, 50 mM NaCl, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3 mM ATP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 4 microliters of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface that was pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removing excess protein, negative ...詳細: 4 microliters of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface that was pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removing excess protein, negative staining was performed with 2% w/v uranyl formate solution.
グリッド詳細: 400 mesh Cu-Rh Maxtaform grid with a thin continuous carbon film on top
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.20 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature side entry holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
温度最低: 294 K / 最高: 297 K / 平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 52,000 times magnification.
詳細Data were collected at room temperature.
日付2014年11月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 825 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Data collected with the Leginon automated image acquisition software.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping of whole micrograph
最終 角度割当詳細: Theta 45 degrees, phi 45 degrees
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: The amplitudes of the final reconstruction were adjusted using SPIDER to fit the density Fourier amplitudes to an experimental 1D low-angle X-ray scattering curve, then low-pass filtered.
使用した粒子像数: 11946
詳細Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected using the Difference of Gaussians (DoG)-based automated particle picker from micrographs. The stack was subjected to five iterations of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The clean particle stack was subjected to twenty five iterations of 3D classification with five classes using the Relion suite. Particles belonging to well-resolved 3D class averages were used for further refinement by projection matching in Relion.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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