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- EMDB-5344: Human Mediator-RNA polymerase II-TFIIF assembly in the absence of... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5344
タイトルHuman Mediator-RNA polymerase II-TFIIF assembly in the absence of activator
マップデータactivator-free Mediator bound to pol II & TFIIF
試料
  • 試料: Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF
  • タンパク質・ペプチド: core Mediator
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: TFIIFTranscription factor II F
キーワードtranscription (転写 (生物学)) / Mediator / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / TFIIF / activator
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Bernecky C / Taatjes DJ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Activator-mediator binding stabilizes RNA polymerase II orientation within the human mediator-RNA polymerase II-TFIIF assembly.
著者: Carrie Bernecky / Dylan J Taatjes /
要旨: The human Mediator complex controls RNA polymerase II (pol II) function in ways that remain incompletely understood. Activator-Mediator binding alters Mediator structure, and these activator-induced ...The human Mediator complex controls RNA polymerase II (pol II) function in ways that remain incompletely understood. Activator-Mediator binding alters Mediator structure, and these activator-induced structural shifts appear to play key roles in regulating transcription. A recent cryo-electron microscopy (EM) analysis revealed that pol II adopted a stable orientation within a Mediator-pol II-TFIIF assembly in which Mediator was bound to the activation domain of viral protein 16 (VP16). Whereas TFIIF was shown to be important for orienting pol II within this assembly, the potential role of the activator was not assessed. To determine how activator binding might affect pol II orientation, we isolated human Mediator-pol II-TFIIF complexes in which Mediator was not bound to an activator. Cryo-EM analysis of this assembly, coupled with pol II crystal structure docking, revealed that pol II binds Mediator at the same general location; however, in contrast to VP16-bound Mediator, pol II does not appear to stably orient in the absence of an activator. Variability in pol II orientation might be important mechanistically, perhaps to enable sense and antisense transcription at human promoters. Because Mediator interacts extensively with pol II, these results suggest that Mediator structural shifts induced by activator binding help stably orient pol II prior to transcription initiation.
履歴
登録2011年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月28日-
マップ公開2012年2月23日-
更新2012年2月23日-
現状2012年2月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0157
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0157
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5344_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈activator-free Mediator bound to pol II & TFIIF
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.22 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0157397 / ムービー #1: 0.0157
最小 - 最大-0.00709368 - 0.06922273
平均 (標準偏差)0.00026938 (±0.00288081)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ161161161
Spacing161161161
セルA=B=C: 679.42 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.224.224.22
M x/y/z161161161
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z679.420679.420679.420
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS161161161
D min/max/mean-0.0070.0690.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF

全体名称: Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF
要素
  • 試料: Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF
  • タンパク質・ペプチド: core Mediator
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: TFIIFTranscription factor II F

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超分子 #1000: Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF

超分子名称: Assembly of human Mediator, RNA polymerase II, and TFIIF
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one Mediator complex binds one pol II-TFIIF / Number unique components: 3
分子量理論値: 1.9 MDa

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分子 #1: core Mediator

分子名称: core Mediator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mediator
詳細: affinity purified using an antibody to the MED26 subunit
集合状態: 26 subunit complex / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #2: RNA polymerase II

分子名称: RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: pol II / 詳細: unphosphorylated / 集合状態: 12-subunit complex / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 520 KDa

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分子 #3: TFIIF

分子名称: TFIIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFIIF / 詳細: RAP74 and RAP30 expressed separately then combined / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM HEPES, 0.10 mM EDTA, 150 mM KCl, 0.02% NP-40, 35% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: grids with adsorbed protein washed 3x with buffer containing 5% trehalose, 20 mM HEPES, 100 mM KCl, and 0.10 mM EDTA, then subject to cryo-negative staining in a saturated solution (1.2M) of ...詳細: grids with adsorbed protein washed 3x with buffer containing 5% trehalose, 20 mM HEPES, 100 mM KCl, and 0.10 mM EDTA, then subject to cryo-negative staining in a saturated solution (1.2M) of ammonium molybdate (pH 7.5)
グリッド詳細: thin carbon-coated holey carbon 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER
手法: blot for 2 seconds, dry for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 139 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 5489
詳細The particles were selected interactively at the computer terminal.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1y1v

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: rigid body. the TFIIS chain S was removed before fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: contour-based Laplacian correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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