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- EMDB-4034: influenza virus membrane fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4034
タイトルinfluenza virus membrane fusion
マップデータtomogram containing 3 contact zones
試料
  • ウイルス: influenza virus (インフルエンザウイルス)
    • Other: influenza virusオルトミクソウイルス科
生物種influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Calder LJ / Rosenthal PB
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Cryomicroscopy provides structural snapshots of influenza virus membrane fusion.
著者: Lesley J Calder / Peter B Rosenthal /
要旨: The lipid-enveloped influenza virus enters host cells during infection by binding cell-surface receptors and, after receptor-mediated endocytosis, fusing with the membrane of the endosome and ...The lipid-enveloped influenza virus enters host cells during infection by binding cell-surface receptors and, after receptor-mediated endocytosis, fusing with the membrane of the endosome and delivering the viral genome and transcription machinery into the host cell. These events are mediated by the hemagglutinin (HA) surface glycoprotein. At the low pH of the endosome, an irreversible conformational change in the HA, including the exposure of the hydrophobic fusion peptide, activates membrane fusion. Here we used electron cryomicroscopy and cryotomography to image the fusion of influenza virus with target membranes at low pH. We visualized structural intermediates of HA and their interactions with membranes during the course of membrane fusion as well as ultrastructural changes in the virus that accompany membrane fusion. Our observations are relevant to a wide range of protein-mediated membrane-fusion processes and demonstrate how dynamic membrane events may be studied by cryomicroscopy.
履歴
登録2016年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月10日-
マップ公開2016年8月10日-
更新2016年9月21日-
現状2016年9月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4034.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 283.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈tomogram containing 3 contact zones
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度
最小 - 最大0. - 255.
平均 (標準偏差)129.445390000000003 (±34.777549999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin626629
サイズ530564249
Spacing564530249
セルA: 2425.2002 Å / B: 2279.0 Å / C: 1070.7001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z564530249
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2425.2002279.0001070.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS666229
NC/NR/NS564530249
D min/max/mean0.000255.000129.445

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : influenza virus

全体名称: influenza virus (インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: influenza virus (インフルエンザウイルス)
    • Other: influenza virusオルトミクソウイルス科

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超分子 #1: influenza virus

超分子名称: influenza virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11309 / 生物種: influenza virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: influenza virus

分子名称: influenza virus / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
配列文字列:
XXX

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
詳細: Sample was incubated at pH5 for 1min and then neutralised
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: British Biocell / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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