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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3151 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the 60S-Arx1-Alb1-Rei1 Complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of the 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex (Rei1 C-terminal His6-tag) | |||||||||
試料 |
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キーワード | eukaryotic ribosome / 60S subunit / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / Rei1 / Arx1 / Alb1 / cytoplasmic maturation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome biogenesis => GO:0042254 / budding cell bud growth / 加水分解酵素 / nucleocytoplasmic transport / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...ribosome biogenesis => GO:0042254 / budding cell bud growth / 加水分解酵素 / nucleocytoplasmic transport / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / rRNA processing / metallopeptidase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / mitotic cell cycle / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / sequence-specific DNA binding / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Greber BJ / Gerhardy S / Leitner A / Leibundgut M / Salem M / Boehringer D / Leulliot N / Aebersold R / Panse VG / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Insertion of the Biogenesis Factor Rei1 Probes the Ribosomal Tunnel during 60S Maturation. 著者: Basil Johannes Greber / Stefan Gerhardy / Alexander Leitner / Marc Leibundgut / Michèle Salem / Daniel Boehringer / Nicolas Leulliot / Ruedi Aebersold / Vikram Govind Panse / Nenad Ban / 要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis depends on several hundred assembly factors to produce functional 40S and 60S ribosomal subunits. The final phase of 60S subunit biogenesis is cytoplasmic maturation, ...Eukaryotic ribosome biogenesis depends on several hundred assembly factors to produce functional 40S and 60S ribosomal subunits. The final phase of 60S subunit biogenesis is cytoplasmic maturation, which includes the proofreading of functional centers of the 60S subunit and the release of several ribosome biogenesis factors. We report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the yeast 60S subunit in complex with the biogenesis factors Rei1, Arx1, and Alb1 at 3.4 Å resolution. In addition to the network of interactions formed by Alb1, the structure reveals a mechanism for ensuring the integrity of the ribosomal polypeptide exit tunnel. Arx1 probes the entire set of inner-ring proteins surrounding the tunnel exit, and the C terminus of Rei1 is deeply inserted into the ribosomal tunnel, where it forms specific contacts along almost its entire length. We provide genetic and biochemical evidence that failure to insert the C terminus of Rei1 precludes subsequent steps of 60S maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3151.map.gz | 10.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3151-v30.xml emd-3151.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD_3151_500px.jpg | 182.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3151 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3151 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex (Rei1 C-terminal His6-tag) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex with C-terminal His6-tag on Rei1
全体 | 名称: 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex with C-terminal His6-tag on Rei1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex with C-terminal His6-tag on Rei1
超分子 | 名称: 60S-Arx1-Alb1-Rei1 complex with C-terminal His6-tag on Rei1 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Stoichiometric 1:1:1:1 assembly / Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 2.4 MDa |
-超分子 #1: 60S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S |
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Ref GO | divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ... divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp kGO3A00226 25ampajax1 classpoptr giGO002262 5ispandiv |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol / 細胞中の位置: Cytosol |
分子量 | 理論値: 2.2 MDa |
-分子 #1: Arx1
分子 | 名称: Arx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal His6-tag / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol and nucleus / 細胞中の位置: Cytosol and nucleus |
分子量 | 理論値: 65 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 DE3 / 組換プラスミド: pET-15b |
配列 | UniProtKB: Probable metalloprotease ARX1 / GO: ribosome biogenesis => GO:0042254 |
-分子 #2: Alb1
分子 | 名称: Alb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: N-terminal maltose binding protein tag; co-expressed with Arx1 コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Cytosol and nucleus / 細胞中の位置: Cytosol and nucleus |
分子量 | 理論値: 63 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 DE3 / 組換プラスミド: petM41 |
配列 | UniProtKB: Ribosome biogenesis protein ALB1 / GO: ribosome biogenesis => GO:0042254 / InterPro: Ribosome biogenesis protein Alb1 |
-分子 #3: Rei1
分子 | 名称: Rei1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C-terminal His6-tag / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 組織: Cytosol / 細胞中の位置: Cytosol |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta DE3 / 組換プラスミド: pET24a |
配列 | UniProtKB: Cytoplasmic 60S subunit biogenesis factor REI1 / GO: ribosome biogenesis => GO:0042254 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 8, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol |
グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 1 |
詳細 | Data collected using 3-4 exposures per ice hole (2 x 2 or triangular pattern). Movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exosure. |
日付 | 2015年3月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1440 / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0008 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 2 |
詳細 | Data collected using 3-4 exposures per ice hole (2 x 2 or triangular pattern). Movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exosure. |
日付 | 2015年4月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 2214 / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: per micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION1.3 / 詳細: Particles selected in BATCHBOXER (EMAN1.9). / 使用した粒子像数: 134701 |
詳細 | Particles were selected semi-automatically using BATCHBOXER (EMAN). CTF correction using CTFFIND3. Reconstruction using RELION. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: UCSF CHIMERA |
詳細 | The coordinate model of the lower-resolution structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex was fitted into the cryo-EM density using UCSF CHIMERA. The model was then adjusted using COOT (RNA) and O (proteins). |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-5apo: |