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- EMDB-3056: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiati... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3056
タイトルStructure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex
マップデータReconstruction of eIF3 octamer core
試料
  • 試料: eIF3 octamer core of Rabbit eIF3
  • 複合体: 40S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3EIF3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 1真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 1A
  • RNA: initiator transfer RNA
キーワードeIF3 (EIF3) / eukaryotic Initiation Factor 3 (EIF3) / preinitiation complex / PCI/MPN core / eIF3g/i/b / eIF3d
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / protein deubiquitination / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / PML body / 核小体 / metallopeptidase activity / ribosome binding / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / シナプス / 核小体 / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者des-Georges A / Dhote V / Kuhn L / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J / Hashem Y
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex.
著者: Amedee des Georges / Vidya Dhote / Lauriane Kuhn / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / Yaser Hashem /
要旨: During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of ...During eukaryotic translation initiation, 43S complexes, comprising a 40S ribosomal subunit, initiator transfer RNA and initiation factors (eIF) 2, 3, 1 and 1A, attach to the 5'-terminal region of messenger RNA and scan along it to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs also requires the DExH-box protein DHX29. Mammalian eIF3 contains 13 subunits and participates in nearly all steps of translation initiation. Eight subunits having PCI (proteasome, COP9 signalosome, eIF3) or MPN (Mpr1, Pad1, amino-terminal) domains constitute the structural core of eIF3, to which five peripheral subunits are flexibly linked. Here we present a cryo-electron microscopy structure of eIF3 in the context of the DHX29-bound 43S complex, showing the PCI/MPN core at ∼6 Å resolution. It reveals the organization of the individual subunits and their interactions with components of the 43S complex. We were able to build near-complete polyalanine-level models of the eIF3 PCI/MPN core and of two peripheral subunits. The implications for understanding mRNA ribosomal attachment and scanning are discussed.
履歴
登録2015年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月8日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月7日-
現状2015年10月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a5t
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

13501.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of eIF3 octamer core
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.06188392 - 0.12141231
平均 (標準偏差)0.00010273 (±0.00224358)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z498.000498.000498.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0620.1210.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : eIF3 octamer core of Rabbit eIF3

全体名称: eIF3 octamer core of Rabbit eIF3
要素
  • 試料: eIF3 octamer core of Rabbit eIF3
  • 複合体: 40S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3EIF3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 1真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 1A
  • RNA: initiator transfer RNA

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超分子 #1000: eIF3 octamer core of Rabbit eIF3

超分子名称: eIF3 octamer core of Rabbit eIF3 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was monodisperse, eIF3 octamer core was locally refined from a reconstruction of the mammalian 43S preinitiation complex
集合状態: One octamer / Number unique components: 7
分子量実験値: 450 KDa / 理論値: 450 KDa

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超分子 #1: 40S small ribosomal subunit

超分子名称: 40S small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: SSU / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #1: eukaryotic initiation factor 3

分子名称: eukaryotic initiation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #2: eukaryotic initiation factor 2

分子名称: eukaryotic initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #4: DHX29

分子名称: DHX29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #5: eukaryotic initiation factor 1

分子名称: eukaryotic initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: eIF1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #6: eukaryotic initiation factor 1A

分子名称: eukaryotic initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: eIF3e / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulcytes / 細胞中の位置: Cytoplasm

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分子 #3: initiator transfer RNA

分子名称: initiator transfer RNA / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: tRNAiMet / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30120 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
日付2013年11月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 8000 / 平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 87192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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