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万見
- PDB-9eoj: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eoj
タイトルVertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex
要素
  • (Gamma-tubulin complex ...) x 5
  • Mitotic-spindle organizing protein 1
  • Tubulin gamma-1 chain
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / cytoskeleton (細胞骨格) / microtubule (微小管) / microtubule nucleation / complex / template / cap / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / cytoplasmic microtubule organization / spindle / 紡錘体 ...gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / cytoplasmic microtubule organization / spindle / 紡錘体 / 微小管 / 中心体 / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal ...Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 3 homolog / Tubulin gamma-1 chain / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17 Å
データ登録者Vermeulen, B.J.A. / Pfeffer, S.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Schi 195/4-4 ドイツ
Other private
German Research Foundation (DFG)INST 35/1503-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1134-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1314-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: γ-TuRC asymmetry induces local protofilament mismatch at the RanGTP-stimulated microtubule minus end.
著者: Bram Ja Vermeulen / Anna Böhler / Qi Gao / Annett Neuner / Erik Župa / Zhenzhen Chu / Martin Würtz / Ursula Jäkle / Oliver J Gruss / Stefan Pfeffer / Elmar Schiebel /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for de novo microtubule assembly from α/β-tubulin units. The isolated vertebrate γ-TuRC assumes an asymmetric, open structure ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for de novo microtubule assembly from α/β-tubulin units. The isolated vertebrate γ-TuRC assumes an asymmetric, open structure deviating from microtubule geometry, suggesting that γ-TuRC closure may underlie regulation of microtubule nucleation. Here, we isolate native γ-TuRC-capped microtubules from Xenopus laevis egg extract nucleated through the RanGTP-induced pathway for spindle assembly and determine their cryo-EM structure. Intriguingly, the microtubule minus end-bound γ-TuRC is only partially closed and consequently, the emanating microtubule is locally misaligned with the γ-TuRC and asymmetric. In the partially closed conformation of the γ-TuRC, the actin-containing lumenal bridge is locally destabilised, suggesting lumenal bridge modulation in microtubule nucleation. The microtubule-binding protein CAMSAP2 specifically binds the minus end of γ-TuRC-capped microtubules, indicating that the asymmetric minus end structure may underlie recruitment of microtubule-modulating factors for γ-TuRC release. Collectively, we reveal a surprisingly asymmetric microtubule minus end protofilament organisation diverging from the regular microtubule structure, with direct implications for the kinetics and regulation of nucleation and subsequent modulation of microtubules during spindle assembly.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mitotic-spindle organizing protein 1
D: Mitotic-spindle organizing protein 1
Q: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
R: Gamma-tubulin complex component
S: Gamma-tubulin complex component 6
T: Tubulin gamma-1 chain
U: Gamma-tubulin complex component
V: Gamma-tubulin complex component
W: Gamma-tubulin complex component
Y: Gamma-tubulin complex component
Z: Gamma-tubulin complex component
a: Gamma-tubulin complex component
b: Gamma-tubulin complex component
c: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
d: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
e: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
f: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
h: Tubulin gamma-1 chain
i: Tubulin gamma-1 chain
k: Tubulin gamma-1 chain
l: Tubulin gamma-1 chain
m: Tubulin gamma-1 chain
n: Tubulin gamma-1 chain
o: Tubulin gamma-1 chain
p: Tubulin gamma-1 chain
q: Tubulin gamma-1 chain
r: Tubulin gamma-1 chain
s: Tubulin gamma-1 chain
t: Tubulin gamma-1 chain
w: Tubulin gamma-1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,231,85530
ポリマ－2,231,85530
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 16分子 BDThiklmnopqrstw

#1: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 1


分子量: 7749.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q5U4M5
#5: タンパク質
Tubulin gamma-1 chain / Gamma-1-tubulin / xGAM


分子量: 51226.719 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P23330

-
Gamma-tubulin complex ... , 5種, 14分子 QcdefRYZabSUVW

#2: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 3 homolog / Gamma-ring complex protein 109 / Xgrip109 / x109p


分子量: 103789.352 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: O73787
#3: タンパク質
Gamma-tubulin complex component


分子量: 103468.312 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A8J0T6B8
#4: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 6


分子量: 193069.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A974HT83
#6: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 117577.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8HGZ5
#7: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 76122.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q642S3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex
タイプ: COMPLEX
詳細: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex induced through the RanGTP spindle assembly pathway and isolated from Xenopus laevis egg extract
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 33000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択Manual picking
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8497 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16TF9

6tf9

16TF91PDBexperimental model
21AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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