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万見
- PDB-8w22: Umb1 umbrella toxin particle (local refinement of UmbB1 bound ALF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w22
タイトルUmb1 umbrella toxin particle (local refinement of UmbB1 bound ALF of UmbC1 and UmbA1)
要素
  • Intein C-terminal splicing domain-containing protein
  • Secreted esterase
  • Secreted proteinSecretory protein
キーワードTOXIN (毒素) / Streptomyces (ストレプトマイセス属) / Umbrella toxin particles / Alanine leucine phenylalanine-rich (ALF) repeat proteins / Seattle structural genomics center for infectious disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF312, ALF / Short repeats of unknown function / Pretoxin HINT domain / Double-stranded DNA deaminase toxin A / Double-stranded DNA deaminase toxin A / FG-GAP-like repeat / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region ...Protein of unknown function DUF312, ALF / Short repeats of unknown function / Pretoxin HINT domain / Double-stranded DNA deaminase toxin A / Double-stranded DNA deaminase toxin A / FG-GAP-like repeat / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Intein C-terminal splicing domain-containing protein / Secreted protein / Secreted esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Park, Y.J. / Zhao, Q. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / DiMaio, F. / Mougous, J.D. / Veesler, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Streptomyces umbrella toxin particles block hyphal growth of competing species.
著者: Qinqin Zhao / Savannah Bertolli / Young-Jun Park / Yongjun Tan / Kevin J Cutler / Pooja Srinivas / Kyle L Asfahl / Citlali Fonesca-García / Larry A Gallagher / Yaqiao Li / Yaxi Wang / Devin ...著者: Qinqin Zhao / Savannah Bertolli / Young-Jun Park / Yongjun Tan / Kevin J Cutler / Pooja Srinivas / Kyle L Asfahl / Citlali Fonesca-García / Larry A Gallagher / Yaqiao Li / Yaxi Wang / Devin Coleman-Derr / Frank DiMaio / Dapeng Zhang / S Brook Peterson / David Veesler / Joseph D Mougous /
要旨: Streptomyces are a genus of ubiquitous soil bacteria from which the majority of clinically utilized antibiotics derive. The production of these antibacterial molecules reflects the relentless ...Streptomyces are a genus of ubiquitous soil bacteria from which the majority of clinically utilized antibiotics derive. The production of these antibacterial molecules reflects the relentless competition Streptomyces engage in with other bacteria, including other Streptomyces species. Here we show that in addition to small-molecule antibiotics, Streptomyces produce and secrete antibacterial protein complexes that feature a large, degenerate repeat-containing polymorphic toxin protein. A cryo-electron microscopy structure of these particles reveals an extended stalk topped by a ringed crown comprising the toxin repeats scaffolding five lectin-tipped spokes, which led us to name them umbrella particles. Streptomyces coelicolor encodes three umbrella particles with distinct toxin and lectin composition. Notably, supernatant containing these toxins specifically and potently inhibits the growth of select Streptomyces species from among a diverse collection of bacteria screened. For one target, Streptomyces griseus, inhibition relies on a single toxin and that intoxication manifests as rapid cessation of vegetative hyphal growth. Our data show that Streptomyces umbrella particles mediate competition among vegetative mycelia of related species, a function distinct from small-molecule antibiotics, which are produced at the onset of reproductive growth and act broadly. Sequence analyses suggest that this role of umbrella particles extends beyond Streptomyces, as we identified umbrella loci in nearly 1,000 species across Actinobacteria.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intein C-terminal splicing domain-containing protein
B: Secreted protein
C: Secreted esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,3403
ポリマ－214,3403
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Intein C-terminal splicing domain-containing protein


分子量: 142716.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: endogenous tags to purified the complex from natural source
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9ACV2
#2: タンパク質 Secreted protein / Secretory protein


分子量: 17186.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9ACV3
#3: タンパク質 Secreted esterase


分子量: 54437.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: endogenous tags to purified the complex from natural source
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9ACV4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Umb1 umbrella toxin particle (local refinement of UmbB1 bound ALF of UmbC1 and UmbA1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 386275 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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