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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vxq | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phage DEV ejection proteins gp72:gp73 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / phage (ファージ) / bacteriophage (ファージ) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / outer membrane protein / gp73 / gp74 / DEV | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / N4 gp52-like protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Iglesias, S.M. / Cingolani, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Res Sq / 年: 2024 タイトル: Integrative structural analysis of phage DEV reveals a genome ejection motor. 著者: Gino Cingolani / Ravi Lokareddy / Chun-Feng Hou / Francesca Forti / Stephano Iglesias / Fenglin Li / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Federica Briani 要旨: DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the ...DEV is an obligatory lytic phage of the N4-like genus, recently reclassified as . The DEV genome encodes 91 ORFs, including a 3,398 amino acid virion-associated RNA polymerase. Here, we describe the complete architecture of DEV, determined using a combination of cryo-electron microscopy localized reconstruction, biochemical methods, and genetic knockouts. We built de structures of all capsid factors and tail components involved in host attachment. We demonstrate that DEV long tail fibers are essential for infection of and dispensable for infecting mutants with a truncated lipopolysaccharide devoid of the O-antigen. We identified DEV ejection proteins and, unexpectedly, found that the giant DEV RNA polymerase, the hallmark of the family, is an ejection protein. We propose that DEV ejection proteins form a genome ejection motor across the host cell envelope and that these structural principles are conserved in all . | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vxq.cif.gz | 773.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vxq.ent.gz | 639.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/8vxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/8vxq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43629MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57183.238 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) 参照: UniProt: A0A2K8HKQ8 #2: タンパク質 | 分子量: 16639.414 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) 参照: UniProt: A0A2K8I0A4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeP_DEV (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61482 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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