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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ubg | ||||||||||||
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タイトル | DpHF19 filament | ||||||||||||
要素 | DpHF19,Green fluorescent protein (Fragment) | ||||||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / Filament / pH / designed (デザイン) | ||||||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lynch, E.M. / Shen, H. / Kollman, J.M. / Baker, D. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2024 タイトル: De novo design of pH-responsive self-assembling helical protein filaments. 著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J ...著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J De Yoreo / Justin Kollman / David Baker / 要旨: Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures ...Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures that are environmentally responsive remains a challenge. Here we describe the de novo design of pH-responsive protein filaments built from subunits containing six or nine buried histidine residues that assemble into micrometre-scale, well-ordered fibres at neutral pH. The cryogenic electron microscopy structure of an optimized design is nearly identical to the computational design model for both the subunit internal geometry and the subunit packing into the fibre. Electron, fluorescent and atomic force microscopy characterization reveal a sharp and reversible transition from assembled to disassembled fibres over 0.3 pH units, and rapid fibre disassembly in less than 1 s following a drop in pH. The midpoint of the transition can be tuned by modulating buried histidine-containing hydrogen bond networks. Computational protein design thus provides a route to creating unbound nanomaterials that rapidly respond to small pH changes. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ubg.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ubg.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ubg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/8ubg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/8ubg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 42088MC 8uaoC 8ub3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54425.699 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DpHF19 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -148.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 406281 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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