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万見
- PDB-8u6y: Preholo-Proteasome from Beta 3 D205 deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u6y
タイトルPreholo-Proteasome from Beta 3 D205 deletion
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
  • Proteasome assembly chaperone 2
  • Proteasome chaperone 1
  • Proteasome maturation factor UMP1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Proteasome (プロテアソーム) / core particle (ヌクレオソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly ...regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome beta subunit, C-terminal ...Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 ...Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome chaperone 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walsh Jr., R.M. / Rawson, S. / Velez, B. / Blickling, M. / Razi, A. / Hanna, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)DP5-OD019800 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Mechanism of autocatalytic activation during proteasome assembly.
著者: Benjamin Velez / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Aida Razi / Lea Adams / Erignacio Fermin Perez / Fenglong Jiao / Marie Blickling / Tamayanthi Rajakumar / Darlene Fung / Lan Huang / John Hanna /
要旨: Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the ...Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the proteasome, where protein degradation occurs, its six active sites are simultaneously activated via cleavage of N-terminal propeptides. Such activation is autocatalytic and coupled to fusion of two half-CP intermediates, which protects cells by preventing activation until enclosure of the active sites within the CP interior. Here we uncover key mechanistic aspects of autocatalytic activation, which proceeds through alignment of the β5 and β2 catalytic triad residues, respectively, with these triads being misaligned before fusion. This mechanism contrasts with most other zymogens, in which catalytic centers are preformed. Our data also clarify the mechanism by which individual subunits can be added in a precise, temporally ordered manner. This work informs two decades-old mysteries in the proteasome field, with broader implications for protease biology and multisubunit complex assembly.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-1
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-3
D: Proteasome subunit alpha type-4
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-6
G: Proteasome subunit alpha type-7
H: Proteasome maturation factor UMP1
I: Proteasome subunit beta type-2
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-4
L: Proteasome subunit beta type-5
M: Proteasome subunit beta type-6
N: Proteasome subunit beta type-1
O: Proteasome chaperone 1
P: Proteasome assembly chaperone 2
Q: Proteasome subunit beta type-7
R: Proteasome subunit alpha type-1
S: Proteasome subunit alpha type-2
T: Proteasome subunit alpha type-3
U: Proteasome subunit alpha type-4
V: Proteasome subunit alpha type-5
W: Proteasome subunit alpha type-6
X: Proteasome subunit alpha type-7
Y: Proteasome maturation factor UMP1
Z: Proteasome subunit beta type-2
a: Proteasome subunit beta type-3
b: Proteasome subunit beta type-4
c: Proteasome subunit beta type-5
d: Proteasome subunit beta type-6
e: Proteasome subunit beta type-1
f: Proteasome chaperone 1
g: Proteasome assembly chaperone 2
h: Proteasome subunit beta type-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)919,96234
ポリマ－919,96234
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 ARBSCTDUEVFWGX

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / プロテアソーム / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / プロテアソーム / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / プロテアソーム / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 27181.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / プロテアソーム / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex

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タンパク質 , 3種, 6分子 HYOfPg

#8: タンパク質 Proteasome maturation factor UMP1


分子量: 16777.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38293
#15: タンパク質 Proteasome chaperone 1 / Proteasome biogenesis-associated protein 1


分子量: 30718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05778
#16: タンパク質 Proteasome assembly chaperone 2 / Alpha-1-proteinase inhibitor-degradation deficient protein 66 / Proteasome biogenesis-associated protein 2


分子量: 30762.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36040

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Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 IZJaKbLcMdNeQh

#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / PSMB2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / PSMB3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22512.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / PSMB4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / PSMB5 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / プロテアソーム / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / PSMB1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#17: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Preholo-proteasome from Beta 3 D205 deletion mutant / タイプ: COMPLEX
詳細: D205 is terminal most residue in the Beta 3 subunit. The deletion of this residue causes an accumulation of assembly intermediates including the Preholo-Proteasome
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.75 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 7.5
詳細: Fluorinated Fos-Choline was added immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris Buffer1
21 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
3100 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 4.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 47169 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.995 sec. / 電子線照射量: 57 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7461
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM4.1 beta画像取得
4RELION4.1CTF補正
7Coot0.93モデルフィッティングIterative Manual Fitting
8ISOLDE1.15モデルフィッティングIterative rebuilding
9UCSF Chimera1.15モデルフィッティングRigid body of starting
11RELION4.1初期オイラー角割当
12cryoSPARCv3.3.2最終オイラー角割当
14cryoSPARCv3.3.2３次元再構成
15PHENIX1.20.1-4487-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1146597
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19020 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8T08

8t08


Accession code: 8T08 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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