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- PDB-8tie: Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tie
タイトルDouble nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC
要素
  • NUP133 isoform 1
  • NUP145 isoform 1
  • Nucleoporin NUP120
  • Nucleoporin NUP84
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin Seh1
  • Protein transport protein SEC13Protein targeting
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / nuclear pore complex (核膜孔) / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin (ヌクレオポリン) / membrane protein (膜タンパク質) / translocase (輸送酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of TORC1 signaling ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / subtelomeric heterochromatin formation / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / : / positive regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / cell periphery / protein import into nucleus / double-strand break repair / 核膜 / 核膜 / chromosome, telomeric region / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like ...Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Nucleoporin peptidase S59-like / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NUP133 isoform 1 / NUP145 isoform 1 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP84 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Akey, C.W. / Echeverria, I. / Ouch, C. / Fernandez-Martinez, J. / Rout, M.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM45377 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM117212 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution.
履歴
登録2023年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Nucleoporin NUP120
b: Nucleoporin NUP85
c: NUP145 isoform 1
d: Protein transport protein SEC13
e: Nucleoporin Seh1
f: Nucleoporin NUP84
g: NUP133 isoform 1
l: Nucleoporin NUP120
m: Nucleoporin NUP85
n: NUP145 isoform 1
o: Protein transport protein SEC13
p: Nucleoporin Seh1
q: Nucleoporin NUP84
r: NUP133 isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,272,50014
ポリマ－1,272,50014
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 14分子 albmcndoepfqgr

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP120 / Nuclear pore protein NUP120


分子量: 120560.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: long arm of Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / Plasmid details: nucleus / 株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11 / 参照: UniProt: P35729
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 84972.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: short arm of Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P46673
#3: タンパク質 NUP145 isoform 1


分子量: 145810.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: stem junction of Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: A0A8H4C085
#4: タンパク質 Protein transport protein SEC13 / Protein targeting


分子量: 33082.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cofactor of Nup145C on stem of Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: Q04491
#5: タンパク質 Nucleoporin Seh1


分子量: 34652.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cofactor Nup85 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303
#6: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 83718.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tail of Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P52891
#7: タンパク質 NUP133 isoform 1


分子量: 133452.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tail Nup84 Y-complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: A0A6V8RYD2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Nuclear Pore Complex核膜孔COMPLEXProtein A tagged Mlp1 pullout of NPCall0NATURAL
2double Nup84 Y-complexCOMPLEXNup84 Y-complexes in nuclear double outer ringall1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
1160 MDaYES
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞内の位置Organelle
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5nuclear envelopenucleus
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5nuclear envelopenucleus
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: One step affinity purified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Preliminary grid screening done manually with individual images of low magnification montages of candidate meshes.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 37651 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 詳細: 3218 images retained after triage
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1GautomatchGautomatch_v0.56_sm61_cu7.5粒子像選択low resolution model used for picking
2SerialEM画像取得
4GctfGctf-v0.1.06_sm_20_cu7.5_x86_64CTF補正initial CTF estimate per micrograph
5RELION3.0.7CTF補正per particle CTF estimate
8UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
10MDFFモデル精密化
11Coot0.8.9.2モデル精密化
12RELION3.0.7初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当non-uniform refinement
14RELION3.0.7分類
15cryoSPARC3.3.2３次元再構成non-uniform refinement
CTF補正詳細: CTF correction applied in RELION during the alignment and reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 26049
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29655 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: multibody in RELION followed by refinements in cryosparc
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross correlation
詳細: Molecular dynamics flexible fitting after docking Alphafold2 CSMs for Nups into the 3D map of double Y complex ring with Chimera
原子モデル構築詳細: none / Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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