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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s9p | ||||||
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タイトル | 1:1:1 agrin/LRP4/MuSK complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / agrin / LRP4 / MuSK / NMJ / RTK | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of presynaptic membrane organization / positive regulation of protein geranylgeranylation / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / : / clustering of voltage-gated sodium channels ...positive regulation of presynaptic membrane organization / positive regulation of protein geranylgeranylation / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / : / clustering of voltage-gated sodium channels / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / postsynaptic membrane assembly / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / chondroitin sulfate binding / presynaptic membrane assembly / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / negative regulation of axonogenesis / sialic acid binding / proximal/distal pattern formation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Wnt-protein binding / dystroglycan binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / NCAM1 interactions / negative regulation of ossification / synaptic assembly at neuromuscular junction / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of kinase activity / heparan sulfate proteoglycan binding / dendrite morphogenesis / limb development / positive regulation of filopodium assembly / generation of neurons / embryonic digit morphogenesis / neuromuscular junction development / receptor clustering / odontogenesis of dentin-containing tooth / plasma membrane raft / apolipoprotein binding / Non-integrin membrane-ECM interactions / 基底膜 / hair follicle development / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / laminin binding / Retinoid metabolism and transport / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / lysosomal lumen / synaptic membrane / kidney development / synapse organization / neuromuscular junction / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / structural constituent of cytoskeleton / 受容体型チロシンキナーゼ / 記憶 / receptor tyrosine kinase binding / Wntシグナル経路 / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / エンドサイトーシス / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / protein tyrosine kinase activity / collagen-containing extracellular matrix / postsynaptic density / Attachment and Entry / protein autophosphorylation / 細胞分化 / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, T. / Xu, G.J. / Liu, Y. / Quade, B. / Lin, W.C. / Bai, X.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the assembly of the agrin/LRP4/MuSK signaling complex. 著者: Tian Xie / Guangjun Xu / Yun Liu / Bradley Quade / Weichun Lin / Xiao-Chen Bai / 要旨: MuSK is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in the formation and maintenance of the neuromuscular junction. Distinct from most members of RTK family, MuSK activation requires ...MuSK is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in the formation and maintenance of the neuromuscular junction. Distinct from most members of RTK family, MuSK activation requires not only its cognate ligand agrin but also its coreceptors LRP4. However, how agrin and LRP4 coactivate MuSK remains unclear. Here, we report the cryo-EM structure of the extracellular ternary complex of agrin/LRP4/MuSK in a stoichiometry of 1:1:1. This structure reveals that arc-shaped LRP4 simultaneously recruits both agrin and MuSK to its central cavity, thereby promoting a direct interaction between agrin and MuSK. Our cryo-EM analyses therefore uncover the assembly mechanism of agrin/LRP4/MuSK signaling complex and reveal how MuSK receptor is activated by concurrent binding of agrin and LRP4. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s9p.cif.gz | 286.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8s9p.ent.gz | 188.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/8s9p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40241MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 217553.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGRN, AGRIN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00468 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 212287.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP4, KIAA0816, LRP10, MEGF7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75096 |
#3: タンパク質 | 分子量: 97163.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUSK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O15146, 受容体型チロシンキナーゼ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 1:1:1 agrin/LRP4/MuSK complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, and 2 mM CaCl2 |
試料 | 濃度: 0.56 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2414116 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82511 / 対称性のタイプ: POINT |