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- PDB-8r5i: In situ structure of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade trim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r5i
タイトルIn situ structure of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade trimer in mature virions by flexible fitting into a cryoET map
要素
  • Core protein A10
  • Core protein A4
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Palisade / A10 / A4 / p4a / Vaccinia (ワクシニアウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus A5 / Orthopoxvirus A5L protein-like / Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major core protein OPG136 precursor / 39kDa core protein OPG130
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Calcraft, T. / Hernandez-Gonzalez, M. / Nans, A. / Rosenthal, P.B. / Way, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2024
タイトル: Palisade structure in intact vaccinia virions.
著者: Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way /
要旨: Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a ...Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a pseudohexagonal palisade layer, composed of trimers projecting from an inner wall. To understand the assembly of this complex core architecture, we obtained a subnanometer structure of the palisade trimer by cryo-electron tomography and subtomogram averaging of purified intact virions. Using AlphaFold2 structure predictions, we determined that the palisade is formed from trimers of the proteolytically processed form of the viral protein A10. In addition, we found that each A10 protomer associates with an α-helix (residues 24-66) of A4. Cellular localization assays outside the context of infection demonstrate that the A4 N-terminus is necessary and sufficient to interact with A10. The interaction between A4 and A10 provides insights into how the palisade layer might become tightly associated with the viral membrane during virion maturation. Reconstruction of the palisade layer reveals that, despite local hexagonal ordering, the A10/A4 trimers are widely spaced, suggesting that additional components organize the lattice. This spacing would, however, allow the adoption of the characteristic biconcave shape of the viral core. Finally, we also found that the palisade incorporates multiple copies of a hexameric portal structure. We suggest that these portals are formed by E6, a viral protein that is essential for virion assembly and required to release viral mRNA from the core early in infection.IMPORTANCEPoxviruses such as variola virus (smallpox) and monkeypox cause diseases in humans. Other poxviruses, including vaccinia and modified vaccinia Ankara, are used as vaccine vectors. Given their importance, a greater structural understanding of poxvirus virions is needed. We now performed cryo-electron tomography of purified intact vaccinia virions to study the structure of the palisade, a protein lattice that defines the viral core boundary. We identified the main viral proteins that form the palisade and their interaction surfaces and provided new insights into the organization of the viral core.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein A10
B: Core protein A4
C: Core protein A10
D: Core protein A4
E: Core protein A10
F: Core protein A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,0776
ポリマ－306,0776
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A
53A
63A
74A
84A
95A
105A
116A
126A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
211METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
322METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
422METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
533SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66
633SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66
744SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66
844SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66
955METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
1055METMETPHEPHE1 - 5941 - 594
1166SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66
1266SERSERGLNGLN24 - 6624 - 66

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Global NCS restraints between domains: 1 2
2Global NCS restraints between domains: 3 4
3Global NCS restraints between domains: 5 6
4Global NCS restraints between domains: 7 8
5Global NCS restraints between domains: 9 10
6Global NCS restraints between domains: 11 12

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.499913, 0.866075, -0.000483), (-0.866076, -0.499913, 7.2E-5), (-0.000179, 0.000454, 1)94.99974, 354.3244, -0.04779
3given(-0.500137, -0.865946, -0.000177), (0.865946, -0.500137, 0.000232), (-0.00029, -3.7E-5, 1)354.37625, 94.94508, 0.05425
4given(-0.498019, 0.867166, -0.000312), (-0.867166, -0.498019, 5.0E-5), (-0.000112, 0.000296, 1)94.62159, 354.23911, -0.00245
5given(-0.478766, -0.877941, 0.001575), (0.877892, -0.478757, -0.009875), (0.009424, -0.003345, 0.99995)351.53622, 91.60132, -1.33757
6given(-0.499949, 0.866055, -0.000292), (-0.866055, -0.499949, 0.000185), (1.4E-5, 0.000345, 1)94.97627, 354.30676, -0.04195
7given(-0.522848, 0.852391, 0.007669), (-0.852372, -0.522895, 0.006581), (0.00962, -0.003096, 0.999949)99.80284, 353.58572, -1.42869

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要素

#1: タンパク質 Core protein A10 / 23K / Core protein A10 / 23 kDa protein


分子量: 71073.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
遺伝子: OPG136, VACWR129, A10L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16715
#2: タンパク質 Core protein A4 / p39 / Core protein A4 / 39kDa core protein OPG130


分子量: 30952.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
遺伝子: OPG130, VACWR123, A4L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29191

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia virus WR / タイプ: VIRUS / 詳細: A36-YdF / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 45mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 98.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Dynamovolume selection
2FEI tomography画像取得
4GctfCTF補正
5RELION4CTF補正
8ISOLDEモデルフィッティング
10REFMACモデル精密化
12RELION4最終オイラー角割当
14RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123492 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 98 / Num. of volumes extracted: 623174
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化解像度: 9.7→9.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.781 / WRfactor Rwork: 0.46 / SU B: 724.519 / SU ML: 4.415 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8949 / Average fsc work: 0.8949 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4604 5651 -
all0.46 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 424.406 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.01215804
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01615182
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5471.64821402
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.521.5734921
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.53251905
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg8.436593
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.147102862
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg16.33910750
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0650.22448
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0218252
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.023710
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2180.23378
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1890.213932
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.170.27744
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0760.28528
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0820.2363
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0210.21
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it50.09141.6337638
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other50.09141.6337638
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it89.89774.7929537
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other89.89274.8019538
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it39.29743.7398166
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other39.29543.7468167
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it78.479.83611865
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other78.39779.84211866
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it194.4469.73665733
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other194.399469.74165734
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight position: 0.07071

Ens-IDDom-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso
119.584690.074050.70709
129.584690.074050.70709
239.636120.069410.70709
249.636120.069410.70709
3510.019960.044920.70711
3610.019960.044920.70711
4713.470370.018160.70711
4813.470370.018160.70711
5910.774390.087610.70709
51010.774390.087610.70709
61116.666810.047690.70711
61216.666810.047690.70711
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
9.705-9.9561.3694421.3694420.7991.369
9.956-10.2280.5323950.5323950.8690.532
10.228-10.5230.3074320.3074320.9040.307
10.523-10.8450.2983590.2983590.9080.298
10.845-11.1990.2373760.2373760.9330.237
11.199-11.5890.223790.223790.9390.22
11.589-12.0240.2373020.2373020.9380.237
12.024-12.5120.2693490.2693490.9260.269
12.512-13.0640.3023400.3023400.9160.302
13.064-13.6960.3492810.3492810.9120.349
13.696-14.4310.4172860.4172860.9080.417
14.431-15.2970.4482750.4482750.9080.448
15.297-16.3410.4912620.4912620.9210.491
16.341-17.6330.5142370.5142370.9260.514
17.633-19.2890.5512090.5512090.8670.551
19.289-21.5210.5252190.5252190.8520.525
21.521-24.7660.4121740.4121740.8040.412
24.766-30.1260.3541440.3541440.7610.354
30.126-41.7680.5381210.5381210.8990.538
41.768-149.760.783690.783690.9710.783

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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