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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r55 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis MutS2-collided disome complex (collided 70S) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Muts2 / collision (衝突) / disome / splitting / quality control (品質管理) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / endonuclease activity / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / endonuclease activity / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
データ登録者 | Park, E. / Mackens-Kiani, T. / Berhane, R. / Esser, H. / Erdenebat, C. / Burroughs, A.M. / Berninghausen, O. / Aravind, L. / Beckmann, R. / Green, R. / Buskirk, A.R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: B. subtilis MutS2 splits stalled ribosomes into subunits without mRNA cleavage. 著者: Esther N Park / Timur Mackens-Kiani / Rebekah Berhane / Hanna Esser / Chimeg Erdenebat / A Maxwell Burroughs / Otto Berninghausen / L Aravind / Roland Beckmann / Rachel Green / Allen R Buskirk / 要旨: Stalled ribosomes are rescued by pathways that recycle the ribosome and target the nascent polypeptide for degradation. In E. coli, these pathways are triggered by ribosome collisions through the ...Stalled ribosomes are rescued by pathways that recycle the ribosome and target the nascent polypeptide for degradation. In E. coli, these pathways are triggered by ribosome collisions through the recruitment of SmrB, a nuclease that cleaves the mRNA. In B. subtilis, the related protein MutS2 was recently implicated in ribosome rescue. Here we show that MutS2 is recruited to collisions by its SMR and KOW domains, and we reveal the interaction of these domains with collided ribosomes by cryo-EM. Using a combination of in vivo and in vitro approaches, we show that MutS2 uses its ABC ATPase activity to split ribosomes, targeting the nascent peptide for degradation through the ribosome quality control pathway. However, unlike SmrB, which cleaves mRNA in E. coli, we see no evidence that MutS2 mediates mRNA cleavage or promotes ribosome rescue by tmRNA. These findings clarify the biochemical and cellular roles of MutS2 in ribosome rescue in B. subtilis and raise questions about how these pathways function differently in diverse bacteria. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r55.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r55.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8r55.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r55 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 18901MC 8qppC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-50S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 04film
#1: タンパク質 | 分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3A5I502 |
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#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A199WAC7 |
#37: タンパク質 | 分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X754 |
#38: タンパク質 | 分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCP1 |
#41: タンパク質 | 分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRS9 |
#42: タンパク質 | 分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XHU6 |
+Large ribosomal subunit protein ... , 21種, 21分子 1236Zabcdejknorstuvwx
-RNA鎖 , 6種, 6分子 7AUVYX
#7: RNA鎖 | 分子量: 23545.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1851743410 |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 496854.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1864548803 |
#28: RNA鎖 | 分子量: 24815.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1772258810 |
#29: RNA鎖 | 分子量: 10591.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) |
#30: RNA鎖 | 分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1560663034 |
#52: RNA鎖 | 分子量: 949646.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 2038422476 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRST
#9: タンパク質 | 分子量: 28009.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XFB4 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 24351.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3N6BZP3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XDX5 |
#12: タンパク質 | 分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1A0G5K9 |
#13: タンパク質 | 分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCU1 |
#14: タンパク質 | 分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X741 |
#15: タンパク質 | 分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCN0 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCS1 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRV5 |
#18: タンパク質 | 分子量: 13993.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A7U5HS75 |
#19: タンパク質 | 分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCJ2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063X7B3 |
#21: タンパク質 | 分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRV2 |
#22: タンパク質 | 分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A2J0WEG5 |
#23: タンパク質 | 分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XHU4 |
#24: タンパク質 | 分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A063XCK9 |
#25: タンパク質 | 分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3A5I3T1 |
#26: タンパク質 | 分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: F5HRU0 |
#27: タンパク質 | 分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A086DNG8 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 z
#53: タンパク質 | 分子量: 87530.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mutS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857HL23 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11794 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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