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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qey | ||||||
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タイトル | Structure of human Asc1/CD98hc heteromeric amino acid transporter | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Heteromeric amino acid transporter Transporter APC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-alanine transmembrane transport / D-serine transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transport / L-serine transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron ...D-alanine transmembrane transport / D-serine transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transport / L-serine transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / methionine transport / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / negative regulation of brown fat cell differentiation / L-leucine transmembrane transporter activity / proline transport / amino acid transmembrane transport / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / neutral amino acid transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / amino acid transport / anchoring junction / Basigin interactions / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / メラノソーム / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / シナプス / 細胞膜 / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez-Molledo, M. / Rullo-Tubau, J. / Errasti-Murugarren, E. / Palacin, M. / Llorca, O. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure and mechanisms of transport of human Asc1/CD98hc amino acid transporter. 著者: Josep Rullo-Tubau / Maria Martinez-Molledo / Paola Bartoccioni / Ignasi Puch-Giner / Ángela Arias / Suwipa Saen-Oon / Camille Stephan-Otto Attolini / Rafael Artuch / Lucía Díaz / Víctor ...著者: Josep Rullo-Tubau / Maria Martinez-Molledo / Paola Bartoccioni / Ignasi Puch-Giner / Ángela Arias / Suwipa Saen-Oon / Camille Stephan-Otto Attolini / Rafael Artuch / Lucía Díaz / Víctor Guallar / Ekaitz Errasti-Murugarren / Manuel Palacín / Oscar Llorca / 要旨: Recent cryoEM studies elucidated details of the structural basis for the substrate selectivity and translocation of heteromeric amino acid transporters. However, Asc1/CD98hc is the only neutral ...Recent cryoEM studies elucidated details of the structural basis for the substrate selectivity and translocation of heteromeric amino acid transporters. However, Asc1/CD98hc is the only neutral heteromeric amino acid transporter that can function through facilitated diffusion, and the only one that efficiently transports glycine and D-serine, and thus has a regulatory role in the central nervous system. Here we use cryoEM, ligand-binding simulations, mutagenesis, transport assays, and molecular dynamics to define human Asc1/CD98hc determinants for substrate specificity and gain insights into the mechanisms that govern substrate translocation by exchange and facilitated diffusion. The cryoEM structure of Asc1/CD98hc is determined at 3.4-3.8 Å resolution, revealing an inward-facing semi-occluded conformation. We find that Ser 246 and Tyr 333 are essential for Asc1/CD98hc substrate selectivity and for the exchange and facilitated diffusion modes of transport. Taken together, these results reveal the structural bases for ligand binding and transport features specific to human Asc1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qey.cif.gz | 183 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qey.ent.gz | 137.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qey | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 18379MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56837.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A10, ASC1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NS82 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 68056.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195 |
-糖 , 3種, 4分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#5: 化合物 | ChemComp-AJP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Asc1/CD98hc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-6E / プラスミド: pcDNA3.1(+) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 31696 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139507 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4→249.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.82 / SU B: 24.645 / SU ML: 0.27 / ESU R: 0.205 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 271.981 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 7306 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
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