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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q6p | ||||||||||||||||||
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タイトル | X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON - MCM ATPase | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION (DNA複製) / DNA replication initiation / Xenopus egg extract / primordial dwarfism / replicative helicase / genome stability | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication origin binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling ...premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication origin binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / DNA helicase activity / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / helicase activity / ヘリカーゼ / DNA複製 / 細胞周期 / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Butryn, A. / Cvetkovic, M.A. / Costa, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: The structural mechanism of dimeric DONSON in replicative helicase activation. 著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / ...著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / Anoop S Chauhan / Satpal S Jhujh / Grant S Stewart / Agnieszka Gambus / Alessandro Costa / 要旨: The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition ...The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition promotes the assembly of two active CMG helicases. Although work with yeast established the mechanism for origin activation, how CMG is formed in higher eukaryotes is poorly understood. Metazoan Downstream neighbor of Son (DONSON) has recently been shown to deliver GINS to MCM during CMG assembly. What impact this has on the MCM double hexamer is unknown. Here, we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) on proteins isolated from replicating Xenopus egg extracts to identify a double CMG complex bridged by a DONSON dimer. We find that tethering elements mediating complex formation are essential for replication. DONSON reconfigures the MCM motors in the double CMG, and primordial dwarfism patients' mutations disrupting DONSON dimerization affect GINS and MCM engagement in human cells and DNA synthesis in Xenopus egg extracts. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q6p.cif.gz | 519.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q6p.ent.gz | 323.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA replication licensing factor ... , 4種, 4分子 2457
#1: タンパク質 | 分子量: 100397.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P55861, ヘリカーゼ |
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#3: タンパク質 | 分子量: 97256.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P30664, ヘリカーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 82556.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P55862, ヘリカーゼ |
#6: タンパク質 | 分子量: 81841.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q7ZXB1, ヘリカーゼ |
-Maternal DNA replication licensing factor ... , 2種, 2分子 36
#2: タンパク質 | 分子量: 90536.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P49739, ヘリカーゼ |
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#5: タンパク質 | 分子量: 92752.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q5FWY4, ヘリカーゼ |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 L
#7: タンパク質 | 分子量: 63864.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q5U4U4 |
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#8: 化合物 | ChemComp-ATP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.54 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 33 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144989 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 121.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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