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万見
- PDB-8q6o: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON - without ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6o
タイトルX. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON - without ATPase
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 4
  • (Maternal DNA replication licensing factor ...) x 2
  • Cell division control protein 45 homolog
  • Protein downstream neighbor of son homolog
キーワードREPLICATION (DNA複製) / DNA replication initiation / Xenopus egg extract / primordial dwarfism / replicative helicase / genome stability
機能・相同性
機能・相同性情報


GINS complex / premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing ...GINS complex / premeiotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication origin binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / DNA helicase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / helicase activity / DNA-templated DNA replication / ヘリカーゼ / DNA複製 / 細胞周期 / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Donson / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain ...Donson / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor mcm4-B / Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / DNA replication licensing factor mcm2 / DNA replication licensing factor mcm5-A / Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / Protein downstream neighbor of son homolog / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 ...DNA replication licensing factor mcm4-B / Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / DNA replication licensing factor mcm2 / DNA replication licensing factor mcm5-A / Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / Protein downstream neighbor of son homolog / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor mcm7-B / Cell division control protein 45 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Butryn, A. / Cvetkovic, M.A. / Costa, A.
資金援助 英国, European Union, 5件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001065 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN845939European Union
Wellcome Trust215510/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001860/1 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: The structural mechanism of dimeric DONSON in replicative helicase activation.
著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / ...著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / Anoop S Chauhan / Satpal S Jhujh / Grant S Stewart / Agnieszka Gambus / Alessandro Costa /
要旨: The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition ...The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition promotes the assembly of two active CMG helicases. Although work with yeast established the mechanism for origin activation, how CMG is formed in higher eukaryotes is poorly understood. Metazoan Downstream neighbor of Son (DONSON) has recently been shown to deliver GINS to MCM during CMG assembly. What impact this has on the MCM double hexamer is unknown. Here, we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) on proteins isolated from replicating Xenopus egg extracts to identify a double CMG complex bridged by a DONSON dimer. We find that tethering elements mediating complex formation are essential for replication. DONSON reconfigures the MCM motors in the double CMG, and primordial dwarfism patients' mutations disrupting DONSON dimerization affect GINS and MCM engagement in human cells and DNA synthesis in Xenopus egg extracts.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication licensing factor mcm2
B: Maternal DNA replication licensing factor mcm3
C: DNA replication licensing factor mcm4-B
D: DNA replication licensing factor mcm5-A
E: Maternal DNA replication licensing factor mcm6
F: DNA replication licensing factor mcm7-B
M: DNA replication complex GINS protein PSF1
N: DNA replication complex GINS protein PSF2
O: DNA replication complex GINS protein PSF3
P: Cell division control protein 45 homolog
Q: DNA replication complex GINS protein SLD5
R: Protein downstream neighbor of son homolog
G: DNA replication complex GINS protein PSF1
K: DNA replication complex GINS protein SLD5
H: DNA replication complex GINS protein PSF2
I: DNA replication complex GINS protein PSF3
J: Cell division control protein 45 homolog
2: DNA replication licensing factor mcm2
3: Maternal DNA replication licensing factor mcm3
4: DNA replication licensing factor mcm4-B
5: DNA replication licensing factor mcm5-A
6: Maternal DNA replication licensing factor mcm6
7: DNA replication licensing factor mcm7-B
L: Protein downstream neighbor of son homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,538,54834
ポリマ－1,537,89424
非ポリマー65410
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 4種, 8分子 A2C4D5F7

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm2 / BM28-homolog / Minichromosome maintenance protein 2 / xMCM2 / p112


分子量: 100397.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P55861, ヘリカーゼ
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm4-B / CDC21 homolog-B / Minichromosome maintenance protein 4-B / xMCM4-B / P1-CDC21-B


分子量: 97256.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P30664, ヘリカーゼ
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm5-A / xMCM5-A / CDC46 homolog A / xCDC46-A / CDC46p / p92


分子量: 82556.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P55862, ヘリカーゼ
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor mcm7-B / CDC47 homolog B / CDC47-2p / Minichromosome maintenance protein 7-B / xMCM7-B


分子量: 81841.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZXB1, ヘリカーゼ

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Maternal DNA replication licensing factor ... , 2種, 4分子 B3E6

#2: タンパク質 Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / Maternal minichromosome maintenance protein 3 / mMCM3 / xMCM3 / P1 homolog / XRLF subunit beta / p100


分子量: 90536.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P49739, ヘリカーゼ
#5: タンパク質 Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / Maternal minichromosome maintenance protein 6 / mMCM6 / xMCM6


分子量: 92752.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q5FWY4, ヘリカーゼ

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 8分子 MGNHOIQK

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / GINS complex subunit 1


分子量: 23171.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZT47
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / GINS complex subunit 2


分子量: 21348.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZT46
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3 / GINS complex subunit 3


分子量: 23948.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZT01
#11: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5 / GINS complex subunit 4


分子量: 25577.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZT48

-
タンパク質 , 2種, 4分子 PJRL

#10: タンパク質 Cell division control protein 45 homolog


分子量: 65695.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q9YHZ6
#12: タンパク質 Protein downstream neighbor of son homolog


分子量: 63864.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q5U4U4

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非ポリマー , 1種, 10分子

#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: X. laevis CMG dimer bound to dimeric DONSON / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.54 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100667 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 118.85 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00252961
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.413171550
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03877962
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00359255
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.59957039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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